结论：在货款纠纷中，若质量问题的索赔作为抗辩理由未被采纳，一般情况下，您仍然可以另行起诉主张质量问题索赔，但需注意诉讼时效、证据充分性以及是否构成重复起诉等问题。以下从不同角度为您详细分析：
一、另行起诉的法律依据与可行性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，买方在发现货物存在质量问题时，有权要求卖方承担违约责任，包括修理、更换、退货、减少价款或赔偿损失等。
- 若在货款纠纷中，法院未采纳质量问题的抗辩，这并不意味着买方丧失了另行起诉主张质量问题的权利。因为抗辩与起诉是两种不同的法律行为，抗辩未被采纳不影响买方另行提起诉讼。
可行性：
- 另行起诉是买方维护自身合法权益的一种有效方式。只要买方能够提供充分的证据证明货物存在质量问题，且该质量问题与卖方有关，法院就有可能支持买方的诉讼请求。
二、另行起诉时需注意的问题
诉讼时效：
- 买方应在发现货物存在质量问题之日起一定期限内（通常为合同约定的或法律规定的诉讼时效期间）提起诉讼，否则可能丧失胜诉权。
- 诉讼时效的计算可能因具体情况而有所不同，如合同中有约定则按约定执行，无约定则按法律规定执行。
证据充分性：
- 买方在另行起诉时，应提供充分的证据证明货物存在质量问题，如检验报告、照片、视频、证人证言等。
- 证据应真实、合法、有效，且能够形成完整的证据链，以支持买方的诉讼请求。
是否构成重复起诉：
- 买方应确保另行起诉的诉讼请求与货款纠纷中的抗辩理由不构成重复起诉。
- 如果买方在货款纠纷中已经提出了质量问题的抗辩，但法院未予采纳，且买方在另行起诉时提出了新的证据或理由，那么这通常不构成重复起诉。
- 但如果买方在另行起诉时提出的诉讼请求与货款纠纷中的抗辩理由完全相同，且没有提供新的证据或理由，那么这可能构成重复起诉，法院可能会不予受理或驳回起诉。
三、实际操作建议
收集证据：
- 在发现货物存在质量问题后，买方应立即收集相关证据，如拍照、录像、保存货物样本等。
- 同时，买方可以委托有资质的检验机构对货物进行检验，并出具检验报告作为证据。
咨询律师：
- 在另行起诉前，买方可以咨询专业律师，了解诉讼风险、诉讼策略以及可能获得的赔偿等。
- 律师可以根据买方的具体情况，为其制定合适的诉讼方案，并提供法律支持。
提起诉讼：
- 在准备好充分的证据和诉讼材料后，买方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，买方应积极配合法院的工作，按时出庭、提交证据等，以维护自己的合法权益。
最后，如果您在货款纠纷中质量问题的索赔作为抗辩理由未被采纳，且您认为货物确实存在质量问题，那么您可以考虑另行起诉主张质量问题索赔。但请注意诉讼时效、证据充分性以及是否构成重复起诉等问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。