不是合法夫妻所生孩子的抚养权归属问题，原则上应参照婚生子女抚养权的判定原则，即以最有利于未成年子女的健康成长为核心考量。具体归属可通过双方协商确定，协商不成时由人民法院判决。以下是对此问题的详细分析：
一、基本原则与法律依据
根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条的规定，非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或个人不得加以危害和歧视。这意味着，在处理非婚生子女的抚养权问题时，法律给予了与非婚生子女同等的保护。不直接抚养非婚生子女的生父或生母，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。
二、具体情形与判定标准
两周岁以下（哺乳期内）的子女：
- 一般情况下，子女会随母方生活。这是因为母方在哺乳期内能够给予子女更好的照顾和营养。
- 但如果母方存在特殊情形，如患有严重疾病、未尽抚养义务等，子女也可以随父方生活。
- 若条件允许且女方同意，子女也可由男方抚养。
两周岁以上未成年的子女：
- 法院会根据双方的具体情况，综合考虑经济状况、生活环境、教育背景、抚养能力、与孩子的感情亲密程度等因素进行判决。
- 在判决时，法院会优先考虑那些已做绝育手术、丧失生育能力、子女随其生活时间较长且改变环境不利、以及对子女成长有利而另一方存在不利情形的一方。
八周岁以上的子女：
- 此时应当尊重孩子的真实意愿。如果孩子明确表示愿意跟随哪一方生活，法院一般会尊重其选择。这是因为八周岁以上的孩子已经具备了一定的判断能力和自主意识，他们的意愿应当得到尊重。
三、抚养费用与支付方式
- 抚养费的数额、支付方式等可由双方协商确定。在协商时，双方应当充分考虑子女的实际需要、父母的经济状况以及当地的生活水平等因素。
- 如果协商不成，可以由法院判决。法院在判决时，会根据上述因素综合考虑，确定一个合理的抚养费数额和支付方式。
四、实际操作建议
- 协商优先：在处理抚养权归属问题时，首先建议双方通过友好协商达成一致。这有助于维护家庭和谐与孩子的心理健康，同时也能减少诉讼带来的时间和金钱成本。
- 寻求法律帮助：如果协商无果或情况复杂，建议及时向我咨询。作为专业律师，我可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助你维护自身合法权益，并确保孩子的最佳利益得到充分考虑。
综上所述，不是合法夫妻所生孩子的抚养权归属问题是一个需要综合考虑多方面因素的复杂问题。在处理此类问题时，应遵循法律法规，尊重孩子的意愿，并确保孩子的健康成长与合法权益得到充分保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。