结论：未协商的情况下，您可以直接起诉要求分居期间的抚养费。
法律背景与解释：
在婚姻家庭关系中，父母对子女有抚养教育的义务，这一义务不因父母分居或离婚而消除。当父母分居时，不直接抚养子女的一方仍然需要承担抚养费的责任。如果双方未能就抚养费问题达成协商一致，直接抚养子女的一方有权向法院提起诉讼，要求对方支付分居期间的抚养费。
法律建议：
收集证据：在提起诉讼前，您需要收集相关证据来证明分居期间您独自抚养子女的事实，以及对方未支付抚养费的情况。这些证据可以包括银行转账记录、收据、证人证言等，以证明您为抚养子女所支出的费用。
明确诉讼请求：在起诉状中，您需要明确诉讼请求，即要求对方支付分居期间的抚养费，并具体说明抚养费的金额和计算方式。抚养费的金额通常根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平来确定。
选择管辖法院：根据民事诉讼法的规定，您可以选择被告住所地或经常居住地法院提起诉讼。如果被告离开住所地超过一年，您也可以选择原告住所地法院提起诉讼。
准备诉讼材料：除了起诉状外，您还需要准备相关证据材料、身份证明等，以便法院受理您的案件。
可能的法律后果：
如果法院认定您的诉讼请求成立，对方将被判决支付分居期间的抚养费。如果对方拒不履行判决，您还可以申请法院强制执行，以保障您的合法权益。
进一步思考：
在提起诉讼前，您也可以考虑与对方进行协商，尝试通过调解的方式解决抚养费问题。如果协商成功，双方可以签订书面协议，明确抚养费的金额和支付方式，以避免不必要的法律纠纷。如果协商无果，您再选择提起诉讼也不迟。
如果您在抚养费问题上遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。