针对您提出的“农村养老用房属于历史遗留的无证房怎么才能合法化，以及处理部门是哪个单位”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、合法化途径
根据自然资源部和农业农村部联合发布的《关于分类化解历史遗留问题扎实做好房地一体宅基地确权登记工作的通知》（自然资发[2025]217号），农村历史遗留的无证房（包括养老用房）可以通过以下途径合法化：
农房用地未经审批的情况：
- 如果您的农房用地符合“一户一宅”等宅基地申请条件，且实地现状为建设用地，但没有审批手续等权属来源材料，可以经过所在农村集体经济组织或村民委员会、村民小组的确认，并在本集体范围内公告15个工作日无异议或者异议不成立后，报乡镇人民政府审核批准，进而进行确权登记。
- 如果涉及占用农用地，需要按规定办理农用地转用审批手续。但根据通知，如果能够证明在2020年7月3日前已发生建设用地行为，可以乡镇为单位统一报县级自然资源部门确认后，直接按建设用地办理登记。
农房未经规划审批的情况：
- 如果您的房屋位于原城市、镇规划区外，且在2008年《城乡规划法》实施前建成，无需提交符合规划的材料，可以按照房屋现状办理登记。
- 如果房屋在2008年《城乡规划法》实施后建成，但符合相关条件（如位于原城市、镇规划区内且在特定法规实施前建成），也可以依据当地规定公告并审核后，按照审核结果办理登记。
二、处理部门
处理农村历史遗留无证房合法化的主要部门包括：
农村集体经济组织或村民委员会、村民小组：
- 负责确认农房用地的合理性和权属情况，并在本集体范围内进行公告。
乡镇人民政府：
- 负责审核批准农房用地的确权登记申请，特别是当农房用地未经审批时。
县级自然资源部门：
- 如果涉及占用农用地且需要办理农用地转用审批手续，或者需要确认建设用地行为的时间，县级自然资源部门将发挥关键作用。
- 同时，县级自然资源部门也是宅基地确权登记的主要办理机构。
三、注意事项
遵守负面清单：
- 在合法化过程中，必须严格遵守通知中明确的负面清单，如严禁通过登记将违法用地或违法建设合法化等。
密切部门协作：
- 自然资源部门和农业农村部门应密切沟通协作，加强信息互通共享和业务协同，以推动宅基地审批、建房规划许可、不动产登记等联审联办，方便群众办事。
尊重群众意愿：
- 在处理过程中，应尊重群众意愿，发挥农村集体经济组织、村民委员会、村民小组等基层组织的作用，鼓励有条件的地区以村、组为单位统一组织、集中办理、送证上门。
综上所述，农村历史遗留的无证房（包括养老用房）可以通过符合相关条件的审核批准后进行确权登记来合法化。处理部门主要包括农村集体经济组织或村民委员会、村民小组、乡镇人民政府以及县级自然资源部门。在处理过程中，请务必遵守相关法律法规和政策要求，确保合法合规。