工亡医药费不会从赔偿金里面扣除给单位。以下是详细分析：
一、工亡赔偿金的构成
根据《工伤保险条例》及相关规定，工亡赔偿金主要包括以下几部分：
- 丧葬补助金：6个月的统筹地区上年度职工月平均工资，用于安葬因工伤死亡职工的丧葬支出。
- 一次性工亡补助金：上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍，对因工伤死亡职工近亲属给予的一次性经济补偿。
- 供养亲属抚恤金：发放给由因工死亡职工生前提供主要生活来源且无劳动能力的亲属，标准根据亲属关系及职工生前工资确定。
二、医药费的支付与承担
- 医药费支付主体：在工伤认定流程启动至完成期间，职工因抢救治疗产生的符合规定的医疗费用，先由用人单位垫付。但一旦工伤认定完成，且单位已缴纳工伤保险，这些费用将由工伤保险基金支付，而非从赔偿金中扣除给单位。
- 未缴纳工伤保险的情况：若用人单位未按时足额缴纳工伤保险费，在此期间职工发生工伤死亡的，所有费用，包括医药费，由用人单位按《工伤保险条例》规定的标准支付。但这并不意味着医药费会从赔偿金中扣除给单位，而是由单位直接承担。
三、赔偿金与医药费的关系
赔偿金是工伤保险基金或用人单位对工伤死亡职工及其近亲属的经济补偿，旨在弥补因工伤死亡带来的损失。而医药费是职工在治疗工伤过程中产生的实际费用。这两者在性质、目的和支付主体上均存在明显差异，因此不存在医药费从赔偿金中扣除给单位的情况。
四、特殊情况说明
- 工伤认定前的医疗费用：在工伤认定流程启动至完成期间，职工因抢救治疗产生的符合规定的医疗费用，虽然先由用人单位垫付，但一旦工伤认定完成，且单位已缴纳工伤保险，这些费用将由工伤保险基金支付给用人单位（或直接支付给医疗机构），而非从赔偿金中扣除。
- 未按时缴纳工伤保险期间的工伤死亡费用：若用人单位未按时足额缴纳工伤保险费，导致职工发生工伤死亡，所有费用由用人单位承担。但这同样不涉及医药费从赔偿金中扣除给单位的问题。
总结与建议：
工亡医药费不会从赔偿金里面扣除给单位。赔偿金与医药费在性质、目的和支付主体上均存在明显差异。若您或您的亲友遭遇工亡情况，建议及时咨询专业律师（即我本人，姜明坤律师，专注于经济纠纷、劳动纠纷领域），以便更好地了解自身权益并维护合法权益。