针对您提出的“起诉小三，但小三不在户籍所在地怎么起诉”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，要明确的是，起诉小三（即涉及婚外情的第三者）通常涉及的是民事侵权纠纷，如侵犯配偶权等。在起诉时，您需要确定有管辖权的法院。根据民事诉讼法的规定，民事案件通常由被告住所地或者侵权行为地法院管辖。
针对小三不在户籍所在地的情况：
选择侵权行为地法院：
- 如果小三的侵权行为（如与您的配偶发生不正当关系）发生在您的居住地或某个特定地点，且该地点与案件有直接关联，那么您可以选择该侵权行为地的法院进行起诉。
利用网上立案平台：
- 如果小三远离您的居住地，且您不方便亲自前往其户籍所在地或侵权行为地法院立案，您可以考虑使用网上立案平台。例如，“人民法院在线服务”小程序（具体可按您想要立案法院所在的省、自治区、直辖市名称进行搜索）提供了便捷的网上立案服务。
- 在使用网上立案平台时，您需要完成实名注册，并按照指引选择管辖法院（可以是侵权行为地法院）、填写立案信息、上传相关证据材料等。
准备充分的证据：
- 无论选择哪种起诉方式，您都需要准备充分的证据来支持您的诉讼请求。这可能包括聊天记录、照片、视频、证人证言等，以证明小三与您的配偶存在不正当关系，并给您造成了损害。
咨询专业律师：
- 起诉小三涉及复杂的法律问题和情感纠葛，建议您在起诉前咨询专业律师。律师可以为您提供法律建议、帮助您准备证据材料、制定诉讼策略等。
注意诉讼时效：
- 请注意，民事诉讼有一定的时效期限。您需要在规定的时效期限内提起诉讼，否则可能会丧失胜诉权。
具体操作步骤（以网上立案为例）：
- 在微信小程序中搜索“人民法院在线服务”或按您想要立案法院所在的地区进行搜索，进入人民法院在线服务平台。
- 完成实名注册和身份认证。
- 点击“我要立案”，选择“审判立案”，并表明不愿意接受调解（如果您希望直接立案）。
- 选择管辖法院（可以是侵权行为地法院）和案件类型。
- 认真阅读立案须知，并点击“下一步”进入立案材料提交界面。
- 上传起诉状、当事人身份证明、证据材料等必填项。
- 核验诉讼参与人信息，确保所有信息准确无误。
- 点击“提交”按钮，等待立案审核。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您在起诉过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关法院。