结论：医疗期已满但员工仍在住院，用人单位能否解除劳动合同需分情况讨论，不能一概而论。

详细分析：

1. 医疗期与劳动合同解除的基本规定：

   • 医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期的长度根据职工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。
   • 在医疗期内，用人单位不得依据《劳动合同法》第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。但医疗期满后，如果员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。

2. 医疗期已满但员工仍在住院的特殊情况：

   • 员工病情尚未稳定或未治愈：如果员工在医疗期满时仍在住院，且病情尚未稳定或未治愈，此时解除劳动合同可能违反劳动法的精神，即保护劳动者在患病或非因工负伤期间的合法权益。在这种情况下，用人单位应考虑延长医疗期或与员工协商其他解决方案，如调整工作岗位、提供医疗补助等。
   • 员工能够从事原工作或另行安排的工作：如果员工虽然仍在住院，但病情已经稳定，且能够从事原工作或用人单位另行安排的工作，那么用人单位在医疗期满后有权解除劳动合同，但应按照法律规定支付经济补偿金。然而，这种情况较为特殊，因为通常住院意味着员工无法正常工作。
   • 员工无法从事任何工作：如果员工在医疗期满后，因病情严重无法从事原工作或用人单位另行安排的工作，且没有其他合适的解决方案，用人单位可以依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，但同样需要支付经济补偿金，并可能涉及医疗补助费的支付。

3. 法律建议与风险提示：

   • 用人单位：在处理医疗期已满但员工仍在住院的情况时，用人单位应谨慎行事，充分了解员工的病情和康复情况，与员工进行充分沟通，并考虑延长医疗期、调整工作岗位或提供医疗补助等解决方案。如果决定解除劳动合同，应确保符合法律规定，并支付相应的经济补偿金和医疗补助费（如适用）。
   • 员工：如果员工在医疗期满后仍在住院，且认为用人单位解除劳动合同的行为违法或不合理，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：医疗期已满但员工仍在住院时，用人单位能否解除劳动合同取决于员工的病情、康复情况以及能否从事原工作或另行安排的工作。在处理此类情况时，用人单位应遵守相关法律法规，与员工进行充分沟通，并考虑提供合理的解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。