结论：公司扣系数工资是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合劳动合同的约定、公司规章制度是否合法以及是否存在法定扣减工资的情形。以下从不同角度详细分析：
一、劳动合同的约定
若劳动合同中有明确约定：如果劳动合同中明确规定了工资的计算方式，包括系数工资的扣减条件和比例，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定扣减系数工资是合法的。
若劳动合同中无明确约定：如果劳动合同中没有明确规定系数工资的扣减条件和比例，公司单方面扣减系数工资则可能构成违法。此时，员工有权要求公司按照原工资标准支付工资，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。
二、公司规章制度的合法性
规章制度经过民主程序制定：如果公司规章制度中规定了系数工资的扣减条件和比例，且该规章制度是经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过）并公示或告知员工的，那么该规章制度对员工具有约束力，公司按照规章制度扣减系数工资是合法的。
规章制度未经过民主程序制定：如果公司规章制度未经民主程序制定，或者未公示或告知员工，那么该规章制度对员工不具有约束力。公司依据该规章制度扣减系数工资则可能构成违法。
三、法定扣减工资的情形
根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，以下情形公司可以扣减员工工资：
代扣代缴个人所得税：公司作为扣缴义务人，有权代扣代缴员工的个人所得税。
代扣代缴应由员工个人负担的各项社会保险费用：如养老保险、医疗保险、失业保险等。
法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费：如果员工有抚养或赡养义务，且法院判决或裁定要求公司代扣相关费用，公司可以依法扣减。
法律、法规规定可以从员工工资中扣除的其他费用：如员工因违反公司规章制度或法律法规给公司造成损失，公司可以依法要求员工赔偿，并从其工资中扣除相应金额。但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
若公司扣减系数工资不属于上述法定情形，且未经过劳动合同约定或合法规章制度规定，则可能构成违法。员工有权要求公司停止违法扣减工资的行为，并补发被扣减的工资。如果公司拒绝补发，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
四、建议与提醒
保留证据：员工应保留好劳动合同、工资条、公司规章制度等相关证据，以便在发生纠纷时证明自己的主张。
及时沟通：如果员工对公司扣减系数工资的行为有异议，应及时与公司沟通协商，寻求解决方案。
寻求法律帮助：如果沟通无果，员工可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
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