重大行政决策的合法性审查主要由政府内部的法制机构或专门的合法性审查机构负责。以下是对这一问题的详细分析：

一、合法性审查的主体

1. 政府法制机构：在多数情况下，政府内部的法制机构是负责重大行政决策合法性审查的主要部门。这些机构通常具备专业的法律知识和经验，能够对决策的合法性进行全面、深入的审查。
2. 专门合法性审查机构：部分地方政府可能设立了专门的合法性审查机构，这些机构可能独立于政府法制机构，但同样承担对重大行政决策进行合法性审查的职责。

二、合法性审查的内容

合法性审查主要关注决策是否符合法律法规的规定，包括但不限于：

1. 决策权限：审查决策是否在政府的法定权限范围内，是否超越了政府的职权范围。
2. 决策程序：审查决策过程是否遵循了法定的程序要求，如是否进行了充分的调研、论证、听证等。
3. 决策内容：审查决策内容是否合法，是否违反了法律法规的禁止性规定，是否侵犯了公民、法人或其他组织的合法权益。

三、合法性审查的意义

1. 保障决策合法性：通过合法性审查，可以确保重大行政决策在法律框架内进行，避免违法决策带来的法律风险和社会风险。
2. 提升政府公信力：合法性审查有助于提升政府决策的透明度和公信力，增强公众对政府决策的信任和支持。
3. 促进法治政府建设：合法性审查是法治政府建设的重要环节，有助于推动政府依法行政，提高政府治理能力和水平。

四、实际操作中的注意事项

1. 审查机构的独立性：为确保合法性审查的公正性和客观性，审查机构应保持相对独立性，避免受到其他部门的干扰和影响。
2. 审查程序的规范性：应建立规范的合法性审查程序，明确审查步骤、审查标准和审查时限等，确保审查工作的有序进行。
3. 审查结果的运用：合法性审查结果应作为决策的重要依据，对于审查中发现的问题应及时进行整改和完善，确保决策的合法性和有效性。

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