办案人员在办案区吸烟，主要违反了以下规定：

1. 违反内部纪律规定
   公安机关、检察院、法院等司法机关通常有严格的内部纪律要求，明确规定办案区为禁烟区域。例如，《公安机关人民警察纪律条令》虽未直接提及“办案区吸烟”，但要求人民警察遵守工作纪律，保持办公场所秩序。若单位内部有明确规定禁止在办案区吸烟，办案人员违反该规定可能面临内部纪律处分，如警告、记过等。

2. 违反消防安全规定
   根据《中华人民共和国消防法》第二十一条，禁止在具有火灾、爆炸危险的场所吸烟、使用明火。办案区若存放案卷、电子设备等易燃物品，或属于人员密集场所，吸烟可能引发火灾，违反消防安全规定。若因此导致火灾事故，吸烟者可能面临行政处罚（如警告、罚款）或刑事责任（如失火罪）。

3. 违反健康与公共卫生规定
   若办案区属于公共场所（如法院、检察院的公共办公区域），根据《公共场所卫生管理条例实施细则》第十八条，室内公共场所禁止吸烟。办案人员吸烟可能违反该规定，需承担相应行政责任。此外，若吸烟行为对他人健康造成影响（如二手烟危害），还可能涉及民事侵权责任。

4. 违反特定案件办理的特殊要求
   在涉及未成年人、毒品、环境污染等特殊案件的办理中，办案区可能对环境有更高要求（如无毒、无污染）。吸烟行为可能干扰案件办理的严肃性，甚至影响证据收集或证人陈述的合法性，从而违反相关案件办理的特殊规定。

建议：
办案人员应严格遵守办案区的禁烟规定，避免因吸烟行为引发纪律处分、行政处罚或刑事责任。若单位未明确规定，建议主动确认内部纪律要求或消防安全规范，确保行为合规。如有进一步疑问，可直接向我咨询。