在软件开发合同中，若甲方延期不付款，违约金的收取方式主要取决于合同中的具体约定以及相关法律规定，以下分情况说明：

1. 合同中有明确违约金条款：

   • 如果合同中明确规定了甲方延期付款时应支付的违约金数额或计算方式（如按日计算一定比例的违约金），那么乙方有权依据合同约定要求甲方支付违约金。
   • 在这种情况下，违约金的收取通常较为直接，乙方只需按照合同约定的计算方式计算出应支付的违约金数额，并向甲方发出付款通知即可。
   • 示例：合同约定“甲方若延期付款，应按未付款项的每日0.05%向乙方支付违约金”，则乙方可根据实际延期天数和未付款项计算违约金。

2. 合同中未明确违约金条款，但约定了损失赔偿：

   • 如果合同中没有明确规定违约金，但约定了因甲方违约给乙方造成损失时，甲方应承担赔偿责任，那么乙方可以要求甲方赔偿因延期付款而造成的实际损失。
   • 实际损失可能包括乙方因资金占用而产生的利息损失、因甲方违约导致的额外成本支出等。
   • 在这种情况下，乙方需要提供充分的证据证明其实际损失，以便向甲方主张赔偿。

3. 合同中既未明确违约金条款，也未约定损失赔偿：

   • 如果合同中既没有约定违约金，也没有约定损失赔偿，那么乙方仍然有权根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，要求甲方承担违约责任。
   • 根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 在这种情况下，乙方可以要求甲方支付因延期付款而产生的实际损失，或者要求甲方按照市场利率支付资金占用期间的利息。

额外建议：

• 及时沟通：在发现甲方延期付款时，乙方应及时与甲方沟通，了解延期原因，并要求甲方给出明确的付款计划。
• 发送催款通知：如果甲方未能按照约定时间付款，乙方应发送正式的催款通知，明确要求甲方支付款项及可能产生的违约金或损失赔偿。
• 保留证据：在整个过程中，乙方应保留好与甲方的沟通记录、合同文本、付款凭证等证据，以便在需要时向法院或仲裁机构提供。
• 考虑法律途径：如果甲方拒绝支付款项或违约金，乙方可以考虑通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。

最后，每个案件的具体情况都有所不同，如果你在实际操作中遇到复杂情况或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律指导。