违规补课班主要由教育行政部门、市场监督管理部门以及税务部门进行处罚，具体处罚部门和措施依据违规补课班的不同性质和违规情节而定。以下是对此问题的详细分析：
一、教育行政部门
处罚依据：
- 根据《中华人民共和国教育法》第七十五条，违反国家有关规定举办学校或其他教育机构的，由教育行政部门或其他有关行政部门予以撤销；有违法所得的，没收违法所得；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。
- 《校外培训行政处罚暂行办法》也对校外培训机构的违规行为进行了详细规定，并明确了相应的处罚措施。
处罚措施：
- 对于未经审批擅自举办校外培训机构或开展学科类隐形变异培训的，教育行政部门可以责令停止举办、退还所收费用，并对举办者处违法所得一倍以上五倍以下罚款。
- 对于在职教师参与违规补课的，教育行政部门将依据相关规定给予警告、记过、降低岗位等级、撤职、开除等行政处分，并可能吊销其教师资格证。
二、市场监督管理部门
处罚依据：
- 如果违规补课班存在无照经营、超范围经营等违法行为，市场监督管理部门将依据《无照经营查处取缔办法》等相关法规进行处罚。
处罚措施：
- 对于无照经营的补课班，市场监督管理部门可以责令停止相关经营活动，没收违法所得，并处以罚款。
- 如果补课班存在虚假宣传、价格欺诈等违法行为，市场监督管理部门也将依法进行处罚。
三、税务部门
处罚依据：
- 违规补课班获得的收入如果未依法纳税，将违反税收征管相关法律法规，如《中华人民共和国税收征收管理法》。
处罚措施：
- 税务部门将追缴其税款、滞纳金，并处以罚款。如果构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
四、其他可能涉及的部门
- 公安部门：如果违规补课班存在安全隐患、治安问题或涉嫌犯罪（如诈骗、非法拘禁等），公安部门将依法进行调查和处理。
- 消防部门：如果补课班存在消防安全隐患，消防部门将依法进行查处，并要求其整改。
五、实际案例与法律后果
- 案例一：某违规补课班因未经审批擅自开展学科类培训，被教育行政部门责令停止举办、退还所收费用，并处以罚款。同时，该补课班的举办者因违规行为被纳入个人信用记录，影响了其未来的贷款、出行等方面。
- 案例二：某在职教师因参与违规补课被教育行政部门给予警告处分，并扣发了当年的绩效奖金。同时，该教师的行为也被纳入师德考核不合格范围，影响了其未来的职称评定和岗位晋升。
总结与建议：
违规补课班不仅违反了教育法律法规，还可能涉及市场监管和税收征管等方面的违法行为。因此，建议教育机构和个人在组织补课活动时务必遵守相关法律法规和规定，确保合法合规运营。如果遇到违规补课班的问题，可以向当地教育行政部门、市场监督管理部门或税务部门进行举报和投诉。同时，如果你有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。