当交通部5号令和公安部162号令内容发生冲突时，应遵循上位法优于下位法、新法优于旧法以及特别法优于一般法的原则来确定执行哪个规定，但具体还需结合冲突内容及实际情况判断，若无法判断建议寻求专业法律帮助。以下是详细分析：

一、法律原则的应用

1. 上位法优于下位法：

   • 如果交通部5号令和公安部162号令在效力层级上存在差异，比如一个是部门规章，另一个是行政法规（虽然此处提及的均为“令”，但实际效力需具体判断其发布主体及法律地位，通常“令”作为部门规章形式存在，但需注意实际法律地位可能因具体内容而异，此处为一般性分析），那么应优先执行效力层级更高的规定。不过，就您提到的两个“令”而言，它们很可能同属部门规章层级，此原则在此情况下不直接决定执行哪个，但为理解法律原则提供基础。

2. 新法优于旧法：

   • 如果两个“令”的发布时间不同，且内容存在冲突，那么应优先执行新发布的规定。这是因为新法通常反映了最新的立法意图和社会需求，具有更强的时效性和适应性。

3. 特别法优于一般法：

   • 如果两个“令”中，一个针对的是特定领域或特定情况，而另一个则是一般性规定，那么在特定领域或特定情况下，应优先执行特别法的规定。这是因为特别法更具体、更针对性，更能满足特定情况下的法律需求。

二、具体冲突内容的判断

• 在实际应用中，仅仅知道上述原则并不足以直接判断应执行哪个规定。还需要具体分析两个“令”中的冲突内容，包括但不限于：冲突的具体条款、条款的立法目的、条款的适用范围、条款之间的逻辑关系等。
• 例如，如果交通部5号令中的某一条款是关于交通事故责任认定的具体程序，而公安部162号令中的某一条款也是关于同一问题的规定，但两者在程序上存在差异，那么就需要根据上述原则，结合冲突内容的具体情况，来判断应执行哪个规定。

三、实际操作中的建议

1. 查阅相关法律法规：

   • 在遇到此类冲突时，首先应查阅两个“令”的具体内容，以及它们所依据的上位法（如《道路交通安全法》等），以全面了解冲突的背景和原因。

2. 咨询专业法律人士：

   • 如果自行无法判断应执行哪个规定，或者冲突内容复杂、涉及面广，建议咨询专业法律人士（如律师或法律顾问）。他们具有丰富的法律知识和实践经验，能够提供更准确、更专业的法律意见。

3. 关注司法实践：

   • 在某些情况下，司法实践中的判例和解释也可能对冲突的解决提供有益的参考。因此，可以关注相关领域的司法实践动态，以了解类似冲突的处理方式和结果。

最后，需要强调的是，法律原则的应用和具体冲突内容的判断都需要结合实际情况进行。因此，在遇到此类问题时，建议保持谨慎和理性的态度，寻求专业法律帮助以确保自身权益得到妥善保护。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。