结论：合同上的乙方是分公司，但盖章盖的是总公司，且分公司有法人资格（这里需明确，通常分公司不具有法人资格，但假设此情境下分公司有特殊情况获得了法人资格或用户表述有误，实际指分公司有相对独立的经营资格且得到总公司明确授权）时，合同是否有效需分情况讨论。一般来说，若分公司得到总公司明确授权且合同内容合法，合同有效；若分公司未经授权或超越授权范围，且总公司不追认，则合同可能无效。
详细分析：
分公司有总公司明确授权且合同内容合法：
- 在这种情况下，尽管合同上乙方写的是分公司，但总公司盖章可以视为对分公司签约行为的确认和追认。分公司作为总公司的分支机构，在总公司授权范围内从事民事活动，其法律后果由总公司承担。因此，只要合同内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，该合同即有效，对总公司具有约束力。
- 例子：总公司授权分公司签订一份采购合同，合同内容合法合规，分公司作为乙方在合同上签字，总公司随后盖章确认。此时，合同有效，总公司需按照合同约定履行义务。
分公司未经总公司授权或超越授权范围，且总公司不追认：
- 若分公司未经总公司授权或超越了总公司的授权范围签订合同，且总公司事后不追认该合同，则该合同可能因无权代理而不具有法律效力。此时，合同对总公司不具有约束力，总公司无需承担合同义务。
- 例子：总公司明确规定分公司只能签订一定金额以下的合同，但分公司超出此范围签订了一份大额采购合同，且总公司事后表示不认可。此时，该合同可能无效，总公司无需承担付款义务。
特殊情况下的考虑：
- 分公司虽无独立法人资格，但拥有相对独立的经营资格：在实际操作中，有些分公司虽然不具有法人资格，但拥有相对独立的经营资格和财产，能够独立承担一定的民事责任。在这种情况下，如果分公司得到总公司的明确授权，且合同内容合法合规，那么分公司以自己名义签订的合同仍然有效。不过，由于分公司不具有法人资格，其民事责任最终仍可能由总公司承担。
- 合同内容违法违规：无论分公司是否得到总公司授权，如果合同内容违反了法律法规的强制性规定（如买卖毒品等违法行为），该合同自始无效，不受法律保护。
法律建议：
- 对于总公司：应加强对分公司的管理和监督，明确分公司的授权范围和签约权限，避免分公司未经授权或超越授权范围签订合同。同时，在分公司签订合同后，总公司应及时进行审查和确认，以确保合同的合法性和有效性。
- 对于合同相对方：在与分公司签订合同时，应仔细审查分公司的授权文件和签约权限，确保分公司是在总公司授权范围内签订合同。如果可能的话，可以要求总公司同时盖章确认或出具书面授权书，以降低合同风险。
可能法律后果：
- 如果合同有效，总公司需按照合同约定履行义务，否则可能面临违约责任和法律纠纷。
- 如果合同无效，总公司无需承担合同义务，但可能因分公司未经授权签约而面临内部管理责任和声誉损失。同时，合同相对方也可能因合同无效而遭受经济损失和法律纠纷。
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