结论：这种行为通常属于违法，但具体是否违法以及违法程度需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

从土地转让的合法程序角度

1. 正常土地转让流程要求
   • 在企业用地转让过程中，按照正常的法律程序，当甲方将企业用地转让给乙方时，土地使用权证应当依法变更登记到乙方名下。土地使用权证是土地使用权的法律凭证，它明确了土地使用权的归属。如果土地已经转让，但土地使用权证仍办理在甲方名下，这显然不符合土地转让的法定程序要求。
   • 例如，根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十一条规定，以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。在转让房地产时，土地使用权证书应当作为权利转让的证明文件之一，并且需要办理土地使用权变更登记手续。
2. 未变更登记的后果
   • 这种未按照规定办理土地使用权证变更登记的行为，可能导致土地转让合同在物权变动层面存在瑕疵。虽然土地转让合同在双方达成合意时可能已经成立并生效（在不违反法律强制性规定等情况下），但物权的变动需要依法进行登记。未办理变更登记，乙方可能无法真正取得法律意义上的完整土地使用权，其权益可能受到侵害。

从可能涉及的违法性质角度

1. 行政违法方面
   • 这种行为可能违反土地管理相关的行政法规。土地管理部门有权对土地使用情况进行监管，对于未按照规定办理土地使用权变更登记的行为，土地管理部门可以依据相关法规进行处罚。例如，可能面临责令限期办理变更登记、罚款等行政处罚措施。
2. 民事违法（欺诈或违约等）方面
   • 如果甲方存在故意隐瞒土地使用权证未变更到乙方名下的事实，或者以不正当手段阻止变更登记，可能构成对乙方的欺诈。在民事法律关系中，这可能导致土地转让合同可被撤销或者甲方需要承担违约责任。
   • 例如，如果乙方是基于对能够完整取得土地使用权的信任而与甲方签订转让合同并支付了相应价款，而甲方却未履行办理土地使用权证变更登记的义务，甲方就违反了合同约定，应当承担继续履行（如办理变更登记）、赔偿损失等违约责任。

从特殊情况角度

1. 存在合法阻却事由
   • 在极少数特殊情况下，可能存在合法的理由使得土地使用权证暂时未办理到乙方名下。例如，由于政府部门的行政程序延误、不可抗力等因素导致变更登记手续无法及时办理。但即使存在这种情况，甲方也有义务积极采取措施推动变更登记的完成，并且应当及时告知乙方相关情况，避免给乙方造成不必要的损失。
2. 名为转让实为其他法律关系
   • 如果双方之间的交易并非真正的土地转让，而是其他法律关系，如土地租赁、土地使用权抵押等伪装成转让的形式，那么这种情况下的土地使用权证办理情况就需要根据实际的法律关系来判断是否合法。但这种伪装行为本身如果违反法律法规的强制性规定或者损害国家、集体或第三人利益的，也是不被允许的。

如果遇到此类情况，你可以进一步向我咨询具体的应对措施，比如如何要求甲方履行义务、如何维护自己的合法权益等。