医疗机构在申请停业期间擅自开展诊疗活动，将面临行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚依据及内容
   根据《医疗机构管理条例》第四十六条及《基本医疗卫生与健康促进法》第九十九条，医疗机构若在停业整顿期间擅自开展诊疗活动，卫生行政部门将责令其立即停止违法行为，没收违法所得，并处以1万元以上10万元以下罚款。若情节严重（如造成患者损害、引发医疗纠纷或社会影响恶劣），还可能被吊销《医疗机构执业许可证》或责令停止执业活动。

2. 刑事责任风险
   若医疗机构在停业期间非法行医导致患者重伤、死亡或其他严重后果，直接负责的主管人员和其他责任人员可能构成《刑法》第三百三十六条的非法行医罪，面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制；若情节特别严重（如多次非法行医、造成多人伤亡），则可能被处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

3. 其他法律后果

• 信用惩戒：违规行为可能被纳入医疗机构信用记录，影响其后续审批、评级或医保定点资格。
  
• 民事赔偿：若患者因非法诊疗受损，医疗机构需承担医疗损害赔偿责任，包括赔偿医疗费、误工费、残疾赔偿金等。
  

建议：医疗机构应严格遵守停业决定，若需恢复诊疗，需提前向卫生行政部门申请并获批准。若已发生违规行为，应立即停止诊疗活动，主动配合调查，并积极与患者协商赔偿，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。