医疗机构若在申请停业期间又自行开展诊疗活动，将面临行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚依据及内容
   根据《医疗机构管理条例》第四十六条及《基本医疗卫生与健康促进法》第一百条，医疗机构在停业整顿期间擅自开展诊疗活动的，由县级以上人民政府卫生健康主管部门责令改正，没收违法所得，并处以违法所得5-20倍的罚款（违法所得不足1万元的，按1万元计算）；对直接负责的主管人员和其他责任人员，可依法给予处分。
   若医疗机构未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业（如停业期间未重新申请许可即营业），处罚更严厉：除没收违法所得外，还需处违法所得10-20倍罚款（违法所得不足1万元的按1万元计算），并可能吊销责任医师的执业证书。

2. 情节严重的刑事责任
   若医疗机构在停业期间擅自执业的行为导致患者重伤、死亡或其他严重后果，可能构成《刑法》第三百三十六条的医疗事故罪或非法行医罪（若原许可已被吊销）。例如，因违规诊疗导致患者死亡的，对直接责任人员可处三年以下有期徒刑或者拘役；若造成特别严重后果（如多人伤亡），可处三年以上十年以下有期徒刑。

3. 其他法律后果

   • 信用惩戒：违规行为将纳入医疗机构信用记录，影响后续评级、财政补贴等。
     
   • 强制停业：卫生健康部门可责令立即停止诊疗活动，直至整改验收合格。
     
   • 民事赔偿：患者可依据《民法典》要求医疗机构赔偿医疗费、误工费、残疾赔偿金等损失。

建议：医疗机构若需停业，应严格履行审批程序（如向登记机关申请并公示），停业期间不得开展任何诊疗活动。若需恢复执业，需提前申请并经核验合格。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性分析。