在行政案件调查阶段，如果行政相对人不配合调查，这确实会给行政机关的调查工作带来一定的挑战。不过，行政机关有多种合法手段来应对这种情况，以下是从不同角度给出的详细分析和建议：

1. 法律手段与强制措施

   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，行政机关在调查取证时，有权要求行政相对人提供相关证据材料或配合调查。如果行政相对人无正当理由拒绝配合，行政机关可以依法采取强制措施，如查封、扣押等，以确保调查的顺利进行。但需注意，这些强制措施必须严格依法进行，不能滥用。
   • 具体操作：行政机关在采取强制措施前，应当向行政相对人说明理由，并告知其享有的权利和救济途径。如果行政相对人仍然拒绝配合，行政机关可以依法实施强制措施，并记录在案。

2. 沟通与说服

   • 沟通策略：在采取法律手段之前，行政机关可以尝试通过沟通与说服的方式，让行政相对人理解配合调查的重要性。这包括解释调查的目的、意义以及不配合可能带来的法律后果等。
   • 心理战术：行政机关可以运用一定的心理战术，如通过展示证据、引用类似案例等方式，增强说服力，促使行政相对人主动配合调查。

3. 利用第三方协助

   • 第三方介入：如果行政相对人仍然拒绝配合，行政机关可以考虑邀请第三方机构或个人介入，如律师、公证员等，作为中立方协助调查。这有助于增加调查的公正性和可信度，也可能促使行政相对人改变态度。
   • 专业建议：在邀请第三方介入时，行政机关应当明确其职责和权限，确保调查工作的顺利进行。同时，也可以向第三方咨询专业建议，以更好地应对行政相对人的不配合行为。

4. 法律后果与救济途径

   • 法律后果：行政相对人如果不配合调查，可能会面临行政处罚、强制执行等法律后果。行政机关应当在调查过程中明确告知行政相对人这些后果，以增强其配合调查的意愿。
   • 救济途径：同时，行政机关也应当告知行政相对人其享有的救济途径，如申请行政复议、提起行政诉讼等。这有助于保障行政相对人的合法权益，也有助于减少其对调查工作的抵触情绪。

5. 特殊情况处理

   • 特殊情形：如果行政相对人因特殊原因（如健康原因、精神障碍等）无法配合调查，行政机关应当给予适当的理解和照顾。在这种情况下，行政机关可以调整调查方式或时间，以确保调查的顺利进行。
   • 人性化执法：行政机关在执法过程中应当注重人性化执法，尊重行政相对人的合法权益和人格尊严。这有助于增强行政相对人对调查工作的认同感和配合度。

总结与建议：面对行政相对人不配合调查的情况，行政机关应当综合运用法律手段、沟通与说服、利用第三方协助等多种方式来应对。同时，也应当注重人性化执法和保障行政相对人的合法权益。如果在实际操作中遇到困难或问题，建议及时咨询专业律师或法律机构以获取更具体的指导和帮助。如果有任何法律问题，也可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律建议。