农村水田被堆土是否合法，需根据具体情况来判断，以下是对此问题的全面分析：
改变农业用途与破坏土地：
- 水田作为农田的一种，受《基本农田保护条例》和《土地管理法》的保护。若堆土行为改变了水田的农业用途，例如将水田用于非农业建设的堆土，或者堆土行为影响了水田的耕作层、破坏了土壤结构，导致无法正常耕种，那么这种行为就构成了违法。
- 特别是如果堆放的土壤中含有有害物质，如强酸、强碱等，对水田造成了污染，那么这种行为不仅违法，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
非法占用土地：
- 在水田上堆土，若未经相关部门批准，且堆土量较大，占用了水田的耕作面积，那么这种行为被视为非法占用土地。根据《土地管理法》的规定，非法占用土地是违法的，需要接受相应的行政处罚。
特殊情况下的合法性：
- 如果堆土行为是与农业生产直接相关的，例如为了改良土壤、提高土地肥力而进行的堆土，且这种行为不会对水田的耕种条件和土地质量造成实质性破坏，同时经过了相关部门的批准或符合当地农业生产习惯，那么这种行为可能是被允许的。
- 另外，在抢险救灾等特殊情况下，临时在水田上堆土以应对紧急情况，也可能被视为合法。但这种情况需要特殊审批和严格管理，确保不会对水田造成长期损害。
法律后果：
- 对于违法行为，县级以上人民政府土地行政主管部门有权责令改正或治理，恢复原种植条件，并处以罚款。罚款的数额根据违法行为的严重程度和造成的损失来确定。
- 若行为严重，构成犯罪（如造成耕地永久性损害），将依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、拘役或罚金等处罚。
建议与措施：
- 在进行堆土行为前，应充分了解相关法律法规，确保行为合法。可以咨询当地的农业农村部门或自然资源部门，获取专业意见和指导。
- 如果已经进行了堆土行为且未造成严重后果，应立即自行清理，恢复土地原状，以避免进一步的法律风险。
- 若堆土行为需要特殊审批，应积极配合相关部门的管理和监督，按照规定的程序和要求进行申请和审批。
- 如果与土地所有者或管理者存在争议，应协商解决，共同制定清理及修复方案，以维护双方的合法权益。
综上所述，农村水田被堆土是否合法，需根据堆土的性质、对水田的影响以及是否符合相关法律法规和当地习惯来判断。为避免不必要的法律风险，建议在进行相关活动前充分了解法律法规，并咨询相关部门或我的意见。