将电动车的48V12A电池更换为48V20A电池，这一行为本身并不直接等同于违法，但关键在于更换过程中是否涉及对电动自行车其他部件的非法改装，以及更换后的电池是否符合国家相关安全标准。不过，从您提供的参考信息中，我们可以明确几点重要内容，这些内容对于理解该问题的法律和安全层面都至关重要。

首先，根据国家规定，电动自行车的额定电压有明确限制，不得超过48V。这一规定是为了确保电动自行车的电气系统在安全范围内运行，防止因电压过高而引发的安全隐患。在您提到的案例中，虽然电压保持在了48V，但电池容量的增加（从12A到20A）可能意味着电池的物理尺寸、重量或能量密度发生了变化，这有可能对电动自行车的整体设计、安全性能以及行驶稳定性产生影响。

其次，非法改装电动自行车是违法的，并且存在极大的安全隐患。这包括但不限于改装电池、电机、控制器等关键部件，以提升电动自行车的速度或动力。这种改装往往超出了车辆原设计的安全范围，容易导致电气系统过载、短路、火灾等严重后果，同时也会影响车辆的制动性能、操控稳定性等，从而增加交通事故的风险。

在您提供的具体案例中，有商家因为将电动自行车的原48V12A铅酸电池改装为60V20A铅酸电池（电压超标）而被处罚，这说明了电压超标是明确的违法行为。同时，即使电压不超标，如果改装过程中涉及对车辆其他部件的非法改动，或者更换的电池不符合国家安全标准，也可能构成违法行为。

因此，我的建议是：

1. 不要私自改装电动自行车，包括更换电池。如果您需要更高容量的电池，应咨询专业商家或厂家，了解是否有符合国家安全标准的原装或兼容电池可供选择。

2. 确保更换的电池符合国家相关安全标准，包括电压、容量、物理尺寸、重量等方面的要求。

3. 遵守国家关于电动自行车的法律法规，不要为了追求速度或动力而进行非法改装，这既是对自己生命安全的负责，也是对他人安全的尊重。

总之，虽然将48V12A电池更换为48V20A电池在电压上并未超标，但这一行为仍需谨慎对待，确保不涉及非法改装且符合国家安全标准。