如果合同中出现不合法条款，该条款自始无效，且可能影响合同整体效力，需根据具体情况处理。具体分析如下：

1. 不合法条款的效力认定
   根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的合同条款无效，但若该条款不涉及合同核心目的（如仅是违约责任约定过高），可能仅导致该条款无效，不影响合同其他部分的效力。例如：合同中约定“违约方需支付本金500%的违约金”，该条款因显失公平可能被认定无效，但合同其他交易条款仍有效。

2. 合同整体效力的影响

   • 部分无效：若不合法条款可独立分离（如格式条款中的免责条款），且剩余条款仍能实现合同目的，则合同其他部分继续有效。
     
   • 全部无效：若不合法条款是合同核心（如买卖合同中约定“无需交付标的物即可取得所有权”），则整个合同可能因违反法律强制性规定而无效。

3. 处理方式与风险防范

   • 协商修改：发现不合法条款后，应立即与对方协商修改或删除，并签订补充协议。例如：将“高息贷款”条款修改为“法定利率范围内利息”。
     
   • 终止合同：若对方拒绝修改且合同核心目的违法（如赌博合同），应书面通知对方终止合同，并保留证据（如邮件、录音）以防纠纷。
     
   • 诉讼/仲裁：若因不合法条款产生损失（如被罚款、赔偿第三方），可向法院起诉或申请仲裁，要求对方承担缔约过失责任或赔偿实际损失。

4. 特殊情形：格式条款的无效
   若不合法条款属于格式条款（如“本公司对合同解释拥有最终决定权”），根据《民法典》第497条，提供方未履行提示或说明义务的，对方可主张该条款不成为合同内容；若条款存在“免除己方责任、加重对方责任、排除对方主要权利”的情形，则直接无效。

建议：签订合同前，务必核对条款是否符合《民法典》《合同法》及相关行业法规（如金融、劳动领域）。若已签订含不合法条款的合同，可携带合同文本向我咨询具体风险及应对方案。