刑事立案后发现还有行政违法行为，一般不受行政追溯时效的影响。以下从几个方面进行详细分析：
一、刑事立案与行政追溯时效的基本概念
刑事立案：是指公安机关、人民检察院或人民法院对报案、控告、举报和犯罪嫌疑人自首等材料进行审查后，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，决定作为刑事案件进行侦查或审判的诉讼活动。
行政追溯时效：是指行政机关对违法行为人追究行政责任、给予行政处罚的有效期限。超过该期限，行政机关一般不得再对违法行为人进行处罚。
二、刑事立案后行政违法行为的处理
刑事优先原则：在刑事案件与行政案件存在交叉时，通常遵循“刑事优先”原则。即如果某一行为既构成犯罪又构成行政违法，且刑事案件已经立案，那么行政机关一般会等待刑事案件的处理结果，再根据需要对行政违法行为进行相应处理。
不受行政追溯时效限制：由于刑事立案标志着对犯罪行为的正式追究，且刑事案件的侦查、起诉和审判过程往往较为复杂和漫长。因此，在刑事立案后发现的行政违法行为，一般不受行政追溯时效的限制。行政机关可以在刑事案件处理完毕后，根据需要对行政违法行为进行处罚。
三、特殊情况下的处理
行政违法行为与刑事犯罪行为独立：如果行政违法行为与刑事犯罪行为是独立的，即行政违法行为并不构成刑事犯罪的一部分，那么行政机关在发现该违法行为后，仍应在行政追溯时效内对其进行处理。但如果刑事立案后，行政机关才得知该行政违法行为的存在，且该行为与刑事案件有关联（如作为犯罪手段或结果的一部分），则可能仍不受行政追溯时效的限制。
行政处罚与刑事处罚的衔接：在某些情况下，行政违法行为可能同时构成犯罪。对于这种情况，行政机关在发现后应将案件移送司法机关处理。如果司法机关已经立案，行政机关则无需再对同一行为进行行政处罚。但如果司法机关认为该行为不构成犯罪或不予追究刑事责任，行政机关则可以在行政追溯时效内对其进行行政处罚。
四、实际操作中的建议
及时沟通：在处理涉及刑事和行政交叉的案件时，行政机关和司法机关应及时沟通，明确各自的处理范围和时限，避免出现处理上的冲突或遗漏。
依法处理：无论是行政机关还是司法机关，都应严格按照法律规定处理案件，确保案件的公正、公平和合法性。
关注时效：虽然刑事立案后发现的行政违法行为一般不受行政追溯时效的限制，但行政机关仍应关注时效问题，确保在合理的时间内对违法行为进行处理。
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