结论：承包土地出租后被盖了厂房，是否还能确权需分情况讨论，主要取决于土地用途是否改变、是否经过合法审批以及当前土地的实际状况等因素。
一、土地用途未改变且建设合法的情况
法律背景：
- 根据《农村土地承包法》及相关规定，承包土地的使用应遵循土地用途管制原则，即不得擅自改变土地的农业用途。
- 若在承包土地上建设厂房，但该建设行为已经过相关部门的合法审批，且土地用途在审批范围内未发生改变（例如，某些地区允许在特定条件下将农业用地转为建设用地用于农业相关设施建设），则土地的确权可能不受影响。
法律建议：
- 在此情况下，应尽快向当地土地管理部门咨询，了解土地确权的具体要求和流程。
- 提供建设厂房的合法审批文件，以证明土地用途未改变或改变已获合法批准。
二、土地用途已改变且建设未获合法审批的情况
法律背景：
- 若承包土地被擅自改变用途用于建设厂房，且未经过相关部门的合法审批，则该建设行为属于违法用地行为。
- 根据《土地管理法》及相关规定，违法用地行为可能面临责令退还土地、拆除建筑物、恢复土地原状等法律责任。
法律后果：
- 在此情况下，土地的确权将受到严重影响。由于土地用途已改变且建设未获合法审批，土地管理部门可能不予确权或要求先拆除违法建筑物、恢复土地原状后再进行确权。
法律建议：
- 若已意识到建设行为的违法性，应立即停止建设并咨询当地土地管理部门或律师，了解如何补办审批手续或采取其他补救措施。
- 若无法补办审批手续或补救措施无效，则可能面临拆除建筑物、恢复土地原状等法律责任。在此情况下，应积极与土地管理部门沟通，争取减少损失。
三、土地现状复杂或存在争议的情况
法律背景：
- 在某些情况下，承包土地的现状可能较为复杂，例如存在多个权利人、土地边界不清、历史遗留问题等。
- 若土地上已建设厂房且存在争议，则确权过程可能更加复杂和漫长。
法律建议：
- 在此情况下，建议尽快咨询当地土地管理部门或律师，了解土地确权的具体要求和流程，并准备相关证据材料以支持自己的主张。
- 若存在争议，可考虑通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议，以明确土地权属和厂房的合法性。
进一步思考：在处理此类问题时，应充分考虑土地用途管制原则、合法审批的重要性以及土地现状的复杂性等因素。若对土地确权流程或相关法律法规不熟悉，建议直接向我咨询，以便获得更专业、更全面的法律建议。