关于您提出的“承包工厂房屋和土地可以确权吗”这一问题，这确实是一个涉及土地管理和法律规定的复杂问题。下面我将结合相关法律法规和实际情况，为您进行详细解答。
首先，我们需要明确的是，承包土地和房屋的确权问题，主要取决于土地的性质、用途以及是否符合相关法律法规和政策要求。
一、一般情况下的确权问题
土地用途管制：根据《土地管理法》等相关法律法规，国家严格限制农用地转为建设用地。如果承包的土地原本是农用地，而未经依法批准擅自改变用途，比如在上面建造工厂房屋，那么这种行为是违法的，土地通常无法按照原来的农用地性质进行确权。
规划要求：农村建房或进行其他建设活动，需要遵循乡镇土地利用总体规划和村庄规划。如果承包的土地所在区域不允许进行建设活动，而擅自建造工厂房屋，那么这种行为也是违反规划的，土地确权时通常不会予以认可。
二、特殊情况下的确权可能性
合法审批途径：如果建房者按照法定程序获得了农用地转用审批手续、乡村建设规划许可证等合法证件，那么承包土地上的建房行为就是合法的。在这种情况下，土地性质可以依法从农用地转变为建设用地，并按照建设用地的规定进行确权登记。
历史遗留问题处理：由于过去管理不规范等原因，农村可能存在一些承包土地上建房的历史遗留情况。如果这些建房行为发生在特定历史时期，且符合当时的政策或得到了政府的默许，那么相关部门在后续的确权工作中可能会根据具体情况和政策规定进行妥善处理，有可能给予确权登记。但这种情况需要具体分析，不能一概而论。
三、建议与合规指导
咨询当地部门：在承包土地上进行任何建设活动前，务必咨询当地土地管理部门或相关政府部门，了解法律法规和政策要求，确保行为合法合规。
遵守法律法规：严格遵守《土地管理法》等相关法律法规，不擅自改变土地用途或违反规划要求进行建设活动。
关注政策动态：及时关注政府发布的土地政策和规划调整信息，以便及时调整自己的经营策略和建设规划。
综上所述，承包工厂房屋和土地的确权问题需要综合考虑土地用途、规划要求、合法审批及历史遗留等多方面因素。如果您有具体的承包土地和房屋情况，建议咨询当地土地管理部门或专业律师，以便获得更准确、更具体的解答。