结论：新员工工作两个月辞职后公司少发工资，可通过协商、投诉、申请仲裁或提起诉讼等途径解决，下面为你详细分析。

核心前提：新员工在公司工作两个月后辞职，公司存在少发工资的情况。

具体分析：

1. 与公司协商
   • 操作方式：首先可以尝试与公司的人力资源部门或者相关负责人进行友好沟通，明确指出公司少发工资的事实，要求公司按照实际工作天数和约定的工资标准补发少发的部分。在协商过程中，要注意保留好沟通的记录，比如聊天记录、邮件等，以备后续需要。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。虽然协商阶段不一定直接用到这条法律，但它明确了用人单位支付足额工资的义务，为协商提供了法律依据。
2. 向劳动监察部门投诉
   • 操作方式：如果与公司协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉。需要准备好相关的证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、辞职证明等，以证明自己与公司存在劳动关系、实际工作的时间以及公司少发工资的情况。劳动监察部门在接到投诉后，会进行调查核实，如果情况属实，会责令公司限期支付少发的工资。
   • 法律依据：《劳动保障监察条例》第十一条规定，劳动保障行政部门对用人单位支付劳动者工资和执行最低工资标准的情况实施劳动保障监察。第二十六条规定，用人单位有下列行为之一的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的。
3. 申请劳动仲裁
   • 操作方式：若对劳动监察部门的处理结果不满意，或者公司仍然拒绝支付少发的工资，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。需要提交仲裁申请书，并附上相关证据材料。仲裁委员会会依法进行审理，并作出裁决。如果公司不履行仲裁裁决，还可以向人民法院申请强制执行。
   • 法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条规定，中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议。第五条规定，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
4. 提起诉讼
   • 操作方式：如果对劳动仲裁的裁决结果不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提交起诉状和相关证据材料，由法院进行审理并作出判决。
   • 法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四十八条规定，劳动者对本法第四十七条规定的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。