关于非法经营罪中工程款未收回是否以已收回的时间作为追诉时效的起算点，结论是：追诉时效的起算点并非以工程款是否收回为标准，而是依据犯罪行为的终了之日或其他法定情形来确定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 追诉时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，追诉时效是指刑事法律规定的，对犯罪分子追究刑事责任的有效期限。这些期限根据犯罪的法定最高刑来确定，如法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效为二十年等。
   • 追诉时效的起算点，根据《中华人民共和国刑法》第八十九条的规定，通常是从犯罪之日起计算。如果犯罪行为有连续或者继续状态的，则从犯罪行为终了之日起计算。

2. 非法经营罪中工程款未收回与追诉时效的关系：

   • 在非法经营罪中，工程款是否收回并不直接影响追诉时效的起算。追诉时效的起算点主要关注的是犯罪行为的完成时间，而非犯罪所得或损失是否得到弥补。
   • 如果非法经营行为已经完成，即使工程款尚未收回，追诉时效仍然从犯罪行为终了之日起计算。这是因为追诉时效的设立是为了确保刑事诉讼的及时性和有效性，避免因为时间过长而导致证据灭失、证人记忆模糊等问题。

3. 特殊情况下的追诉时效起算：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第八十八条的规定，如果在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，犯罪嫌疑人逃避侦查或者审判的，那么将不受追诉期限的限制。这意味着，在这种情况下，追诉时效的起算点将不再适用一般规定。
   • 另外，如果在追诉期限以内又犯罪的，前罪追诉的期限将从犯后罪之日起计算。这被称为追诉期的中断，同样会影响追诉时效的起算。

4. 实际应用中的考虑：

   • 在处理非法经营罪案件时，应重点关注犯罪行为的完成时间和是否存在逃避侦查或审判的情况，以确定追诉时效的起算点。
   • 如果工程款未收回的情况与犯罪行为的完成时间或逃避侦查、审判等情形有关联，可能需要进一步调查和取证，以准确判断追诉时效的起算点。

法律建议：

• 对于涉及非法经营罪的案件，建议及时咨询专业律师，以便准确判断追诉时效的起算点和其他相关法律问题。
• 如果发现存在逃避侦查或审判的情况，应立即向相关部门报告，并配合调查工作，以避免因追诉时效问题而影响案件的审理和判决。

可能后果：

• 如果因追诉时效问题而错过起诉时机，可能会导致犯罪嫌疑人逃避法律制裁，损害社会公共利益和受害人的合法权益。
• 因此，在处理非法经营罪案件时，应充分考虑追诉时效的因素，确保案件的及时、有效审理。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。