关于“劳动合同员工签字的真实性谁申请司法鉴定”的问题，结论是由用人单位来申请司法鉴定，并预交鉴定费。以下是对此结论的详细解释：

1. 举证责任分配：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
   • 劳动合同属于私文书证，用人单位提交该私文书证是为了证明双方签订了劳动合同的事实，用以反驳劳动者的二倍工资诉讼请求。
   • 因此，应由用人单位对私文书证，包括其中签名的真实性承担举证责任。

2. 鉴定申请的提出：

   • 如果签名真伪需要由专业机构通过笔迹鉴定来识别，则应由用人单位来申请鉴定，并预交鉴定费。
   • 如果用人单位拒绝申请鉴定或者拒不预交鉴定费，则将面临举证不能的不利后果，最终很可能导致败诉。

3. 劳动者的配合义务：

   • 当用人单位申请鉴定并预交鉴定费后，劳动者一方应当积极配合并参与鉴定，按照鉴定机构的要求提供鉴定所需的比对样本等。
   • 如果劳动者无正当理由拒不配合鉴定，导致鉴定程序无法进行或者鉴定结论无法作出的，则应由劳动者一方来承担相应的不利后果。

4. 鉴定费用的承担：

   • 如果最终的鉴定结论显示劳动者签名是真实的，则应由劳动者一方来负担鉴定费用。
   • 这是因为劳动者对签名真实性的否认被证明是不成立的，因此应承担由此产生的费用。

综上所述，劳动合同员工签字的真实性应由用人单位申请司法鉴定，并承担相应的举证责任。如果签名真伪需要通过笔迹鉴定来确认，用人单位应提出鉴定申请并预交鉴定费。劳动者则应积极配合鉴定过程，并提供必要的比对样本。最终，如果鉴定结论显示签名真实，劳动者应承担鉴定费用。