农村合作建房协议无效后的处理，主要依据相关法律法规，结合协议无效的原因及具体情况，进行相应的法律后果处理和权益调整。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议无效的原因及法律后果
违反法律法规强制性规定：
- 若农村合作建房协议违反了土地管理法、城乡规划法等相关法律法规的强制性规定，如未经批准擅自占用农用地建房、超出宅基地使用范围建房等，该协议将被认定为无效。
- 法律后果：根据《民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。因此，协议双方需恢复原状，即拆除违法建筑、恢复土地原状等，并可能面临行政处罚。
意思表示不真实：
- 若协议双方在签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致一方意思表示不真实，该协议也可能被认定为无效。
- 法律后果：受欺诈或胁迫方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。撤销后，协议自始无效，双方需根据过错程度承担相应的赔偿责任。
主体不适格：
- 若协议一方或双方不具备签订农村合作建房协议的主体资格，如非本村集体经济组织成员参与宅基地建房等，该协议同样可能被认定为无效。
- 法律后果：协议无效后，双方需根据实际情况协商处理已建房屋及土地的使用问题，并可能因违反相关规定而面临行政处罚。
二、协议无效后的处理方式
恢复原状：
- 对于因违法建房导致的协议无效，双方应首先拆除违法建筑，恢复土地原状。这是处理无效协议的首要步骤，也是符合法律法规要求的做法。
赔偿损失：
- 若协议无效给一方或双方造成损失，如建房投入、土地使用费等，受损方有权要求过错方进行赔偿。赔偿范围应根据双方过错程度、实际损失情况等因素综合确定。
协商处理已建房屋：
- 对于已建成的房屋，若双方无法就拆除达成一致，可协商处理房屋的所有权、使用权及收益分配等问题。协商时，应充分考虑房屋的实际价值、双方投入情况、土地使用性质等因素。
寻求行政调解或司法裁决：
- 若双方无法就协议无效后的处理达成一致，可寻求当地政府或相关部门的行政调解。若调解无果，可向人民法院提起诉讼，由法院根据事实和法律进行裁决。
三、特殊情况下的处理建议
涉及农村集体经济组织利益：
- 若农村合作建房协议涉及农村集体经济组织的利益，如占用集体土地建房等，处理时应充分考虑集体经济组织的意见和利益诉求。必要时，可邀请集体经济组织代表参与协商或调解过程。
涉及多方利益主体：
- 若农村合作建房协议涉及多方利益主体，如多个家庭共同出资建房等，处理时应确保各方利益得到公平、合理的保障。可通过协商、调解或诉讼等方式，明确各方的权利义务关系。
在处理农村合作建房协议无效问题时，建议您首先明确协议无效的原因及法律后果，然后根据实际情况选择合适的处理方式。若遇到复杂情况或难以解决的问题，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。