针对您提出的“自家农田被别人填土该怎么处理”这一问题，核心前提是您的农田被他人非法侵占或破坏，您有权依法维护自己的权益。以下是具体处理步骤和建议：

1. 立即固定证据
   首先，您需要保留所有能证明农田被填土的证据，包括但不限于：

   • 现场照片、视频（拍摄填土现状、填土来源、填土过程等）；
     
   • 证人证言（如有目击者，可请其出具书面说明或录音录像）；
     
   • 土地权属证明（如土地承包合同、土地使用权证等）；
     
   • 填土行为造成的损失清单（如农作物毁坏、土地肥力下降等）。
     这些证据将为您后续维权提供关键支持。

2. 与对方协商解决
   在证据充分的情况下，您可以先尝试与填土方沟通，要求其：

   • 立即停止填土行为；
     
   • 恢复农田原状（如清除填土、修复土地）；
     
   • 赔偿因填土造成的损失（如农作物损失、土地修复费用等）。
     协商时建议书面记录沟通内容（如短信、邮件、书面协议），以备后续使用。

3. 向相关部门投诉或举报
   如果协商无果，您可以向以下部门反映情况：

   • 当地农业农村局或自然资源局：反映农田被非法侵占或破坏，要求行政干预；
     
   • 乡镇政府或村委会：请求协调处理，尤其是涉及农村集体土地时；
     
   • 环保部门：如果填土行为涉及污染（如倾倒建筑垃圾、工业废料等），可向环保部门举报。
     相关部门介入后，可能会对填土方进行行政处罚，并督促其整改。

4. 通过法律途径维权
   如果上述方式均无法解决问题，您可以考虑提起民事诉讼或刑事自诉：

   • 民事诉讼：以“财产损害赔偿纠纷”或“排除妨害纠纷”为案由，要求填土方停止侵害、恢复原状并赔偿损失；
     
   • 刑事自诉：如果填土行为涉嫌犯罪（如故意毁坏财物罪、非法占用农用地罪等），您可以向公安机关报案，或直接向法院提起刑事自诉。
     诉讼过程中，您需要提交之前固定的证据，并可能需要申请法院委托鉴定机构评估损失。

5. 注意事项

   • 时效性：民事诉讼的诉讼时效为3年，自您知道或应当知道权益受损之日起计算，建议尽快行动；
     
   • 专业协助：如果涉及复杂法律问题（如土地性质认定、损失评估等），建议委托律师协助处理；
     
   • 避免冲突：在维权过程中，保持冷静，避免与对方发生直接冲突，防止事态升级。

总结：您可以通过固定证据、协商、投诉、诉讼等方式维护自己的权益。具体选择哪种方式，需根据填土行为的性质、损失程度以及对方的态度综合判断。如果您需要进一步帮助（如起草法律文书、分析证据等），可以直接向我咨询，我会为您提供详细指导。