结论概述：
部队调查公司要求员工配合时，员工是否配合以及不配合的后果，主要取决于部队调查的性质、目的以及员工不配合的具体情形。一般来说，如果部队的调查是合法且合理的，员工有义务配合；若员工无正当理由拒绝配合，可能会面临一定的纪律或法律责任，但具体责任需根据实际情况判断。
详细分析：
部队调查的性质与目的：
- 部队作为国家机关，其调查行为通常具有合法性和权威性。如果部队的调查是为了维护国家安全、执行军事任务或进行其他合法活动，且调查内容与员工的工作或行为有关，那么员工有义务配合调查。
- 如果部队的调查超出了其法定权限或调查内容与员工无关，员工则有权拒绝配合，并可以寻求法律保护。
员工不配合的可能后果：
- 纪律处分：如果员工是部队的现役军人或与部队有特定关系（如军属、合同工等），且无正当理由拒绝配合调查，可能会受到部队的纪律处分，如警告、记过、降职等。
- 法律责任：在极端情况下，如果员工的不配合行为构成了妨碍公务、拒绝履行法定义务等违法行为，可能会面临法律责任，如罚款、拘留等。但这种情况较为罕见，且需要具体证据支持。
- 工作影响：即使员工不是部队的现役军人，不配合调查也可能对其在公司的工作产生负面影响，如影响晋升、评奖等。
员工应如何应对：
- 了解调查性质：员工应首先了解部队调查的性质和目的，判断其是否合法且合理。
- 咨询专业意见：如果员工对调查有疑问或担忧，可以咨询专业律师或相关机构，了解自己的权利和义务。
- 合理配合：在确认调查合法且合理的情况下，员工应合理配合调查，提供必要的信息和协助。
- 保护自身权益：如果员工认为调查侵犯了自己的合法权益，可以依法提出异议或申诉，并寻求法律保护。
特殊情况说明：
- 如果员工与部队之间存在劳动合同关系，且劳动合同中明确规定了员工有配合部队调查的义务，那么员工拒绝配合可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。
- 如果部队的调查涉及员工的个人隐私或商业秘密，员工有权要求部队采取保密措施，并在必要时寻求法律保护。
建议与总结：
- 员工在面对部队调查时，应保持冷静和理性，了解调查的性质和目的，合理配合调查，并保护自己的合法权益。
- 如果员工对调查有疑问或担忧，建议及时咨询专业律师或相关机构，以便更好地了解自己的权利和义务。
- 部队在调查过程中也应尊重员工的合法权益，确保调查的合法性和合理性。
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