结论：在同处一室且双方拒不承认发生关系的情况下，纪委的处理方式会依据具体证据、情节严重程度以及相关规定来综合判断，可能包括初步调查、证据收集、审查判断、作出处理决定等步骤，具体处理结果可能是给予党纪处分、政务处分或移送司法机关等。
分析说明：
初步调查与证据收集：
- 纪委在接到相关举报或线索后，会首先进行初步调查，了解基本情况。
- 在调查过程中，纪委会收集各种证据，包括但不限于现场勘查记录、证人证言、监控录像、通讯记录等，以尽可能还原事实真相。
- 若双方拒不承认发生关系，且没有直接证据（如视频、音频等）证明，纪委可能会更加依赖间接证据和逻辑推理来形成判断。
审查判断与证据认定：
- 纪委会根据收集到的证据进行审查判断，评估证据的充分性、真实性和关联性。
- 在证据不足或存在矛盾的情况下，纪委可能会进一步调查或要求相关人员提供补充证据。
- 若证据确实充分，能够形成完整的证据链，纪委将依据相关规定对涉事人员进行认定。
作出处理决定：
- 根据审查判断的结果，纪委将依据党纪、政纪等相关规定作出处理决定。
- 若涉事人员违反了党纪或政纪，纪委可能会给予相应的党纪处分或政务处分，如警告、记过、降级、撤职等。
- 若涉事人员的行为涉嫌犯罪，纪委将按照规定将案件移送司法机关处理。
特殊场景下的处理：
- 若双方均否认且证据不足：在证据确实不足，无法形成完整证据链的情况下，纪委可能会根据“疑罪从无”的原则，对涉事人员不作出有罪认定，但可能会根据具体情况给予相应的批评教育或组织处理。
- 若一方承认另一方否认：若一方承认发生关系而另一方否认，纪委将重点审查承认方的陈述是否与其他证据相互印证，以及否认方的辩解是否合理。根据审查结果，纪委将依法作出相应处理。
- 若涉及职务违法或犯罪：若涉事人员的行为涉及职务违法或犯罪，如利用职务之便进行性骚扰、强奸等，纪委将依法从严处理，并可能将案件移送司法机关追究刑事责任。
后续行动与建议：
- 配合调查：涉事人员应积极配合纪委的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
- 保护自身权益：在调查过程中，涉事人员有权保护自己的合法权益，如申请回避、要求保密等。
- 寻求法律帮助：若涉事人员对纪委的处理决定有异议，可以依法申请复议或提起诉讼，维护自己的合法权益。
法律依据：
- 《中国共产党纪律处分条例》等相关党纪规定，对党员的违纪行为进行了明确规定和处罚措施。
- 《中华人民共和国监察法》等相关法律法规，对监察机关的调查、处置等程序进行了规范。
在处理此类案件时，纪委会严格依法依规进行，确保处理结果的公正性和合法性。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。