新注册的公司收集员工毕业证，这一行为本身并不直接违法，但需满足一定条件并遵循相关法律法规的规定。以下从不同角度为你详细分析：

一、合法性基础

1. 目的合理性：公司收集员工毕业证，通常是为了核实员工的学历背景，确保员工具备岗位所需的基本素质和能力。这种目的本身是合理的，也是企业人力资源管理中的常见做法。
2. 合法收集原则：根据《中华人民共和国个人信息保护法》等相关法律法规，公司在收集员工个人信息时，应当遵循合法、正当、必要的原则，并明确告知员工收集信息的目的、方式和范围。同时，公司应当确保所收集的信息仅用于合法、正当的目的，并采取必要措施保障信息的安全。

二、具体操作要求

1. 明确告知与同意：公司在收集员工毕业证前，应当向员工明确告知收集信息的目的、方式和范围，并获得员工的明确同意。这可以通过签订劳动合同或单独的信息收集同意书等方式实现。
2. 限制使用与存储：公司应当仅将收集到的毕业证信息用于核实员工学历背景的目的，不得将其用于其他非法或不当用途。同时，公司应当采取必要措施保障信息的安全，防止信息泄露、滥用或丢失。
3. 遵守保密义务：公司对收集到的员工毕业证信息负有保密义务，不得随意向第三方披露或提供。在法律法规允许或要求的情况下，公司应当按照规定的程序和要求进行披露或提供。

三、潜在法律风险

1. 侵犯隐私权：如果公司未经员工同意擅自收集、使用或披露其毕业证信息，可能构成对员工隐私权的侵犯，员工有权要求公司承担相应的法律责任。
2. 违反个人信息保护法规：如果公司违反《中华人民共和国个人信息保护法》等相关法律法规的规定收集、使用或披露员工毕业证信息，可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。

四、建议与措施

1. 完善制度：公司应当建立完善的个人信息保护制度，明确收集、使用、存储和披露员工个人信息的程序和要求，确保合规操作。
2. 加强培训：公司应当加强对员工的个人信息保护培训，提高员工的法律意识和保密意识，防止信息泄露和滥用。
3. 定期审查：公司应当定期对个人信息保护制度进行审查和更新，确保其符合法律法规的要求和企业的实际情况。

总结来说，新注册的公司收集员工毕业证并不直接违法，但需满足目的合理性、合法收集原则等条件，并遵循相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。