在县内运输卷烟被查，处理方式会根据具体情况有所不同，以下是详细分析：

1. 合法运输的情况

   • 核心前提：如果运输的卷烟数量在个人合理自用范围内（通常为50条以内），且持有合法有效的烟草专卖零售许可证或准运证，同时遵守了烟草专卖法律法规关于运输的相关规定（如使用合法运输工具、在规定时间内运输等）。
   • 处理方式：一般不会被处罚，执法部门会核实相关证件和运输情况后予以放行。

2. 无证运输或超量运输的情况

   • 核心前提：如果未取得烟草专卖零售许可证或准运证，或者运输的卷烟数量超过了个人合理自用范围（超过50条），或者违反了烟草专卖法律法规关于运输的其他规定（如运输假冒伪劣卷烟、在禁止运输的时间或路线运输等）。
   • 处理方式：
     • 没收违法运输的烟草专卖品：执法部门会依法没收违法运输的卷烟。
     • 罚款：根据违法情节的严重程度，处以违法运输的烟草专卖品价值20%以上50%以下的罚款。如果违法运输的烟草专卖品价值超过5万元或者运输卷烟数量超过100件（每1万支为1件），还会面临更严厉的处罚，包括没收违法所得、罚款，甚至可能被追究刑事责任（如非法经营罪）。

3. 特殊情况

   • 核心前提：如果运输的卷烟是假冒伪劣产品，或者涉及走私、贩私等违法行为。
   • 处理方式：除了上述的没收和罚款外，还可能面临更严重的刑事处罚，如销售伪劣产品罪、走私普通货物、物品罪等。

建议：

• 在运输卷烟前，务必了解并遵守当地的烟草专卖法律法规，确保自己具备合法的运输资格和条件。
• 如果对相关规定不熟悉或存在疑问，建议提前咨询当地烟草专卖部门或专业律师，以避免不必要的法律风险。

如果有任何关于烟草专卖法律法规或运输卷烟方面的法律问题，可以直接向我咨询。