农村自建房甲乙双方自愿签订的免责协议是否有效，需结合具体情况判断，关键在于行为人能力、意思表示真实性、内容合法性及条款明确性等多方面因素。以下从不同角度为您详细分析：

一、有效情形

1. 行为人具有相应的民事行为能力：

   • 签订协议的双方当事人必须年满18周岁（或依法被视为具有完全民事行为能力的未成年人），且精神智力正常，能够充分理解协议内容、预见行为后果，并独立作出决定。例如，甲乙双方均为成年人，且精神状况正常，自愿签订免责协议，这是确保协议有效性的基础。

2. 意思表示真实：

   • 协议必须是双方自愿签订，不存在欺诈、胁迫、重大误解等不正当手段。双方应在平等协商的基础上，真实表达各自的意愿。例如，甲乙双方在平等、自愿的基础上，就农村自建房可能出现的风险进行协商，并达成免责协议，该协议在意思表示真实的情况下是有效的。

3. 内容合法且不违背公序良俗：

   • 协议内容必须符合法律、行政法规的规定，不得违反社会公共秩序和善良风俗。例如，免责协议中约定的内容应合理合法，不得损害他人合法权益，也不得违反法律法规的强制性规定。

4. 条款清晰明确：

   • 免责条款应表述清晰，无歧义，使双方都能准确理解其含义和后果。例如，协议中应明确约定免责的具体情形、范围及责任承担方式等，避免因条款模糊而导致后续争议。

二、无效情形

1. 造成对方人身损害的免责条款无效：

   • 为保护公民的生命健康权，任何试图通过免责条款免除因自身原因造成对方人身损害责任的协议均属无效。例如，如果免责协议中约定，因施工原因造成乙方人身损害的，甲方不承担责任，该条款因违反法律法规的强制性规定而无效。

2. 因故意或重大过失造成对方财产损失的免责条款无效：

   • 一方因故意或重大过失导致对方财产损失时，不能通过免责条款逃避责任。例如，如果甲方在施工过程中因故意或重大过失导致乙方财产损失，且免责协议中约定甲方不承担责任，该条款同样因违反法律法规的强制性规定而无效。

3. 提供格式条款一方不合理地免除或减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利：

   • 如果免责协议是甲方预先拟定并在订立合同时未与乙方协商的格式条款，且甲方利用优势地位不合理地免除自身责任、加重乙方负担或限制乙方主要权利，则该条款很可能被认定为无效。例如，协议中约定无论何种原因导致房屋质量问题，甲方均不承担责任，这样的条款可能因显失公平而被认定为无效。

4. 排除对方主要权利的免责条款无效：

   • 如果免责协议排除了乙方基于合同性质所应享有的主要权利，如房屋质量保证权、维修权等，则该条款无效。例如，协议中约定乙方在房屋出现质量问题时不得要求甲方维修或赔偿，这样的条款实际上剥夺了乙方的合法权益，因此无效。

三、法律建议

1. 谨慎签订免责协议：

   • 在签订免责协议前，双方应充分了解协议内容，确保协议符合法律法规的规定，且不违背公序良俗。同时，双方应确保意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。

2. 明确免责范围和责任承担方式：

   • 协议中应明确约定免责的具体情形、范围及责任承担方式等，避免因条款模糊而导致后续争议。例如，可以约定在特定情况下（如自然灾害、不可抗力等）甲方不承担责任，但应明确这些特定情况的具体范围和条件。

3. 咨询专业律师：

   • 由于免责协议涉及复杂的法律问题，建议在签订前咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况为您提供法律建议，帮助您制定合法、有效的免责协议。当然，如果您有任何法律问题，也可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。

综上所述，农村自建房甲乙双方自愿签订的免责协议是否有效，需结合具体情况判断。在签订协议前，双方应充分了解协议内容，确保协议符合法律法规的规定，并咨询专业律师的意见。