结论前置：您仍然可以起诉邻居侵占宅基地，但需注意诉讼时效、证据收集以及政府认定书的效力等问题。以下从多个角度为您详细分析：

1. 诉讼时效问题：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。然而，在宅基地侵占这类涉及不动产的纠纷中，诉讼时效的起算点可能并非从侵占行为发生时开始，而是从您知道或应当知道权利被侵害时起算。如果政府出具认定书后，您一直在与邻居协商或通过其他途径解决，且没有明确表示放弃权利，那么诉讼时效可能并未开始计算或已中断。因此，即使政府出具认定书已经几年，您仍然有可能在诉讼时效内提起诉讼。

2. 证据收集问题：

   • 在起诉邻居之前，您需要收集充分的证据来证明邻居确实侵占了您的宅基地。政府出具的认定书是一个重要的证据，但可能还需要其他辅助证据，如宅基地使用权证、现场照片、视频、证人证言等。证据越充分，您胜诉的可能性就越大。

3. 政府认定书的效力问题：

   • 政府出具的认定书通常具有较高的证明力，可以作为法院审理案件的重要依据。然而，如果邻居对认定书有异议，并能在法庭上提供相反的证据或理由，那么认定书的效力可能会受到质疑。因此，在起诉前，您需要确保认定书的合法性和有效性，并准备好应对邻居可能提出的异议。

4. 法律程序问题：

   • 起诉邻居侵占宅基地属于民事诉讼范畴。您需要向有管辖权的人民法院提起诉讼，并按照法院的要求提交起诉状、证据材料等。在诉讼过程中，您需要遵守法庭纪律，配合法院的审理工作。如果您不熟悉法律程序，建议寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。

5. 可能面临的法律后果：

   • 如果法院最终认定邻居确实侵占了您的宅基地，那么邻居可能需要承担停止侵害、返还宅基地、赔偿损失等法律责任。然而，如果法院认为您的诉求不成立或证据不足，那么您可能会面临败诉的风险。因此，在起诉前，您需要充分评估自己的诉求和证据，并做好应对各种可能结果的准备。

建议：

• 在起诉前，尽量与邻居进行协商，看是否能够通过和解的方式解决纠纷，以节省时间和精力。
• 如果协商无果，建议尽快收集证据并咨询专业律师，以制定合适的诉讼策略。
• 在诉讼过程中，保持冷静和理性，遵守法庭纪律，配合法院的审理工作。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。