当劳动合同上的内容与另外签订的其他协议或文件发生冲突时，一般以双方真实意思表示且不违反法律强制性规定的条款为准，但具体还需分情况讨论：
从合同效力层级角度分析：
- 如果劳动合同与另外签订的协议都是双方自愿、平等协商后达成的，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么它们都具有法律效力。在这种情况下，如果两者之间存在冲突，通常需要看哪一份协议是双方最后达成的合意，或者哪一份协议更具体、更详细地规定了双方的权利和义务。一般来说，后签订的协议如果明确表示要修改或替代之前劳动合同中的某些条款，那么后签订的协议中的相关条款将具有优先效力。例如，双方先签订了一份劳动合同，约定了工作地点为A地，后来又签订了一份补充协议，明确约定工作地点变更为B地，那么在这种情况下，工作地点应以补充协议中的B地为准。
- 如果另外签订的协议是劳动合同的附件或者补充协议，且明确说明了其与劳动合同的关系（如“本附件/补充协议与劳动合同具有同等法律效力，如有冲突，以本附件/补充协议为准”），那么在这种情况下，附件或补充协议中的条款将具有优先效力。
从合同内容性质角度分析：
- 如果劳动合同中的条款是关于劳动者基本权利和义务的，如工作时间、休息休假、劳动报酬等，而另外签订的协议中的条款是对这些基本权利和义务的进一步细化或补充，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么两者可以相互补充，共同构成双方之间的完整约定。在这种情况下，如果发生冲突，需要结合具体情境和双方的真实意思表示来判断哪个条款更适用。
- 如果另外签订的协议中的条款与劳动合同中的基本条款相冲突，且这种冲突涉及到劳动者的核心权益（如劳动报酬、工作时间等），那么这种冲突可能因违反法律、行政法规的强制性规定或者公序良俗而无效。在这种情况下，应以劳动合同中的基本条款为准。
从特殊情形角度分析：
- 如果另外签订的协议是用人单位利用其优势地位，强迫劳动者签订的，且协议中的条款明显不利于劳动者，那么这种协议可能因显失公平或胁迫而无效。在这种情况下，应以劳动合同中的条款为准。
- 如果双方对冲突条款的理解存在争议，且无法通过协商达成一致意见，那么可能需要通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来解决争议。在这种情况下，仲裁机构或法院将根据相关法律法规和双方的实际履行情况来判断哪个条款更适用。
建议：
- 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果用人单位要求签订其他协议或文件，务必要求用人单位明确说明这些协议或文件与劳动合同的关系，以及它们之间的优先级顺序。
- 如果发现劳动合同与其他协议或文件之间存在冲突，应及时与用人单位沟通协商，寻求解决方案。如果无法协商达成一致意见，可以考虑寻求法律援助或提起劳动仲裁/诉讼来维护自己的合法权益。
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