农村自建房施工承包合同在符合法定条件时有效。具体分析如下：

1. 合同主体适格性
   根据《民法典》第1百四十三条，合同有效的核心条件包括：

   • 承包方需具备相应施工资质（如《建筑业企业资质标准》中规定的房屋建筑工程施工总承包资质）。若承包方为个人或无资质单位，合同可能因违反《建筑法》第26条（禁止无资质承揽工程）被认定无效。
     
   • 发包方需为宅基地使用权人（通常为农村集体经济组织成员），且房屋建设符合“一户一宅”原则。若发包方非宅基地合法使用权人，合同可能因主体瑕疵无效。

2. 合同内容合法性

   • 需明确约定工程范围、工期、质量标准、价款支付方式等核心条款。若合同存在“包工包料但材料质量无标准”“工程款以实物抵扣”等模糊约定，可能因显失公平或违反强制性规定被部分无效。
     
   • 禁止约定“承包方自行办理规划许可”等违法内容（根据《城乡规划法》第41条，农村自建房需取得乡村建设规划许可证）。

3. 程序合规性

   • 施工前需完成宅基地审批（依据《土地管理法》第62条）和乡村建设规划许可（依据《城乡规划法》第41条）。若未取得许可即施工，合同可能因违反效力性强制性规定无效。
     
   • 涉及改建、扩建的，需确保不超出宅基地使用权范围，否则可能因侵害集体土地所有权被认定无效。

实务建议：

1. 签订合同前，发包方应核查承包方资质（可通过当地住建部门官网查询），并要求提供营业执照、资质证书复印件作为合同附件。
   
2. 合同中明确约定“承包方未取得施工许可导致合同无效的，需承担全部损失赔偿责任”，以降低风险。
   
3. 施工完成后，及时办理房屋竣工验收备案（依据《建设工程质量管理条例》第49条），确保房屋合法性。
   

若您已签订合同或正在起草，可将具体条款内容提供给我，我可进一步分析其法律效力及风险点。