关于农村自建房在政府那签了工期合同是否有效的问题，这主要取决于合同的具体内容、签订主体以及是否符合相关法律法规的规定。以下从几个关键角度进行分析：

1. 合同签订主体的合法性：

   • 如果工期合同是由具有相应民事行为能力的自然人（如房主）或法人（如建筑公司）与政府相关部门签订，且合同内容不违反法律法规的强制性规定，那么该合同通常是有效的。
   • 需要注意的是，如果房主是未成年人或精神病人等无民事行为能力人或限制民事行为能力人，那么他们签订的合同可能需要其法定代理人的同意或追认才有效。

2. 合同内容的合法性：

   • 工期合同应当明确约定工程的建设内容、工期、质量标准、价款及支付方式等关键条款。如果合同内容合法、明确且双方意思表示真实，那么合同是有效的。
   • 如果合同中存在违反法律法规的强制性规定（如改变宅基地用途、未取得合法建房审批手续等）或公序良俗的条款，那么这些条款可能被认定无效，但不影响合同其他部分的效力。

3. 政府批准与监管：

   • 农村自建房的建设通常需要经过政府的审批和监管。如果工期合同是在政府批准和监管下签订的，且符合相关规划和建设要求，那么合同的效力更有保障。
   • 如果未经政府批准或违反政府监管要求签订工期合同，那么该合同可能面临被认定无效的风险。

4. 特殊情形下的合同效力：

   • 如果工期合同涉及农村宅基地的使用权转让或房屋买卖等复杂法律关系，那么还需要考虑购买人的资格、产权完整性以及村委会和政府的批准等因素。这些因素可能影响合同的效力。

针对您的情况，我给出以下建议：

• 审查合同内容：仔细审查工期合同的内容，确保合同条款合法、明确且双方意思表示真实。
• 确认政府批准：确认该工期合同是否经过了政府的批准和监管，以及是否符合相关规划和建设要求。
• 咨询专业意见：如果您对合同的效力存在疑问或担忧，建议直接向我咨询，我可以根据您的具体情况提供更详细的法律分析和建议。

最后，需要强调的是，合同的效力问题是一个复杂的法律问题，需要综合考虑多个因素。因此，在签订和履行工期合同过程中，务必谨慎行事，确保合同的合法性和有效性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。