破坏农田小树的处理方式需结合行为性质、损害后果及法律规定综合判断，具体分以下情形处理：
民事赔偿层面
根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。若破坏行为导致农田小树死亡或生长受损，权利人可要求行为人赔偿直接损失（如补种费用、树木市场价值）及间接损失（如预期收益减少）。赔偿范围需以实际损失为限，可通过评估机构确定树木价值或修复成本。
行政处罚层面
若破坏行为违反《土地管理法》第37条（禁止占用耕地建窑、建坟等破坏种植条件）或《森林法》第74条（擅自毁坏林木），由县级以上人民政府自然资源主管部门或林业主管部门责令限期改正，可并处罚款：
- 占用耕地毁坏种植条件的，按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下罚款；
- 毁坏林木的，按损失林木价值3倍以下罚款（数量较大可能构成犯罪的除外）。
- 刑事责任层面
若破坏行为符合《刑法》第342条【非法占用农用地罪】或第345条【故意毁坏财物罪】构成要件：
- 非法占用农用地罪：违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大（如基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上），造成耕地等农用地大量毁坏的，处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
- 故意毁坏财物罪：毁坏公私财物价值5000元以上，或毁坏3次以上、纠集3人以上公然毁坏等情形的，处3年以下有期徒刑、拘役或罚金；数额巨大（如5万元以上）或有其他特别严重情节的，处3年以上7年以下有期徒刑。
处理建议：
- 立即固定证据（如现场照片、视频、证人证言、评估报告等）；
- 向当地自然资源局、林业局或公安机关报案，要求立案查处；
- 若涉及民事赔偿，可同步向法院提起民事诉讼或通过调解、仲裁解决；
- 若行为人拒不履行赔偿或处罚决定，可申请法院强制执行。
具体适用需结合破坏方式（如砍伐、焚烧、填埋等）、树木权属（个人承包地或集体所有）、行为人主观故意等因素综合判断。如有进一步细节，可直接向我咨询。