当案件立案后发现证据不足时，处理方式确实会因诉讼程序的不同而有所差异。以下是我为您详细梳理的各诉讼程序中的处理方式及建议：
刑事诉讼中的处理
侦查阶段：
- 若公安机关在侦查过程中发现证据不足，无法充分证明犯罪嫌疑人有罪，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十三条，公安机关应当撤销案件。
审查起诉阶段：
- 人民检察院在审查案件时，如果认为证据不足，可以退回公安机关补充侦查，或者自行进行侦查。补充侦查的次数以二次为限。
- 经过两次补充侦查后，如果人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条第一款，应当作出不起诉决定。
审判阶段：
- 在法庭审理过程中，如果证据不足，无法认定被告人有罪，法院应当根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
建议：在刑事诉讼中，如果发现证据不足，应及时与公安机关或人民检察院沟通，了解案件进展，并考虑是否需要补充证据或申请撤案。同时，也可以咨询专业律师，了解法律程序和权利保障。
民事诉讼中的处理
- 在民事诉讼中，如果立案后证据不足，负有举证责任的当事人将承担不利后果。这意味着，如果原告无法提供足够的证据支持其主张，法院可能不会支持其诉讼请求。
- 法院在判决前会给予当事人机会去补充证据，但如果最终证据仍然不足，法院可能判决原告败诉。
建议：在民事诉讼中，如果发现证据不足，应尽快收集更多证据来支持自己的主张。这可能包括重新调查取证、申请鉴定、调取关联证据等。同时，也可以考虑与对方进行协商，寻求和解或调解的可能性。
行政诉讼中的处理
- 在行政诉讼中，被告（通常是行政机关）对作出的行政行为负有举证责任。如果被告提供的证据不足，可能会承担败诉的后果。
- 法院可能判决撤销或部分撤销行政行为，并要求被告重新作出行政行为。
建议：在行政诉讼中，如果作为被告发现证据不足，应尽快补充证据来支持自己的行政行为。这可能包括调取相关文件、询问证人、进行鉴定等。同时，也可以考虑与原告进行协商，寻求和解或调解的可能性，以避免败诉带来的不利影响。
总结与建议
无论是刑事诉讼、民事诉讼还是行政诉讼，当立案后发现证据不足时，都需要依法进行处理。各诉讼程序均有其特定的规定和流程，以确保案件的公正、合法处理。因此，我建议您：
- 及时咨询专业律师：了解相关法律规定和程序要求，以便采取合适的应对措施。
- 系统梳理已收集的证据：分析缺失的关键环节，并针对性地补强证据体系。
- 借助法律程序推进：如申请补充侦查、复议、申诉或提起自诉等。
- 避免非法取证：确保取证过程合法合规，以免证据被排除或面临法律责任。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时告诉我。