结论：针对您提出的小区租的车位被外来车辆占用且小区收取停车费是否合法的问题，这需根据具体情况综合判断，包括小区是否经过合法程序决定收费、收费标准是否合理、费用用途是否透明以及停车位权属等。以下是对此问题的详细分析：
一、合法收费的情形
经过合法程序：
- 小区收取外来车辆停车费，需经过业主大会或业主委员会的合法表决程序决定，并制定明确的收费标准和管理办法。这是确保收费行为合法性的基础。例如，若参会业主三分之二以上参与表决，且经参与表决专有部分面积过半数的业主及参与表决人数过半数的业主同意，方可实施收费。
符合物价规定：
- 收费标准需符合当地物价部门的规定。物价部门会根据经济水平、市场情况等因素制定指导标准或限价。小区收取的停车费应在这些规定的合理范围内，否则将构成违法。
提前告知并公示：
- 物业或管理方应在外来车辆进入前明确告知并公示收费标准。这一步骤是确保收费透明性和合法性的重要环节，有助于保障车主的知情权。
有明确用途：
- 收取的停车费用途应合理且透明，通常应用于小区公共设施的维护、保养、更新或补充专项维修资金等。同时，需定期向业主公布收支情况，接受监督。
得到政府批准或许可（如适用）：
- 在某些地区，小区收取停车费可能还需得到相关政府部门的批准或许可。物业或管理方应确保在收费前已获得必要的政府批文或许可。
二、违法收费的情形
未经业主同意：
- 若物业未经业主大会或业主委员会同意，擅自决定收取外来车辆停车费，则构成违法。因为小区的公共区域属于全体业主共有，物业无权擅自决定收费。
收费标准过高：
- 若收费标准明显高于当地物价部门规定的指导标准或限价，则属于违法行为。过高的收费标准侵害了车主的合法权益，相关部门可责令改正并进行处罚。
未提前告知或公示：
- 若物业或管理方未提前告知或公示收费标准，则收费行为缺乏透明性，可能构成违法。车主有权拒绝支付并要求物业停止违法行为。
费用挪用：
- 若收取的停车费被物业私自挪用，未用于小区公共事务，则构成违法。公共收益应专款专用，接受业主监督。物业应将费用用于规定的用途，并定期公布收支情况。
停车位权属问题：
- 若小区内的停车位属于业主共有，而物业或管理方在未经业主大会同意的情况下擅自收取外来车辆停车费，则构成违法。因为这种情况下，停车位的收益应归全体业主所有。
三、针对您个人情况的分析
- 车位被占用：若您已合法租赁车位，外来车辆占用您的车位属于侵权行为。您有权要求物业协助处理，如联系车主挪车或采取其他必要措施。
- 小区收取停车费：若小区收取外来车辆停车费符合上述合法收费的情形，则该行为合法。但若存在未经业主同意、收费标准过高、未提前告知或公示、费用挪用或停车位权属不清等违法行为，则您有权向相关部门投诉或寻求法律帮助。
四、建议
- 与物业沟通：首先，您可以尝试与物业沟通，了解收费的具体依据和标准，以及车位被占用的处理情况。
- 收集证据：若沟通无果，您可以收集相关证据，如照片、视频、收费凭证等，以备后续维权之需。
- 寻求法律帮助：若您认为小区的收费行为存在违法行为，或车位被占用问题未得到妥善解决，您可以向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，小区收取外来车辆停车费的合法性取决于多个因素的综合考量。在处理此类问题时，建议您保持冷静，收集证据，并与物业或相关部门进行沟通。如有需要，请随时向我咨询。