结论：代收单位房租超过三年未上交是否违法，需结合具体情况判断，主要涉及是否构成侵占或违约，以及是否超过诉讼时效等问题。以下从不同角度详细分析：

1. 是否构成侵占或违约

• 侵占角度：若代收人无合法依据（如无委托合同或授权）代收房租，且长期占有未归还，可能构成《刑法》中的侵占罪（需达到数额较大标准，且经催告拒不归还）。但实践中，侵占罪多针对个人财物，单位房租是否适用需结合具体案情。
• 违约角度：若代收人与房东或租客存在委托合同，明确约定代收后需及时上交房租，但代收人未履行义务，则构成违约。房东或租客可依据《民法典》合同编要求代收人承担违约责任，如返还房租、赔偿损失等。

2. 诉讼时效问题

• 一般规定：根据《民法典》第188条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。若房东或租客在三年内未主张权利，可能面临诉讼时效抗辩。
• 例外情形：
  • 若代收人明确表示不履行义务（如书面拒绝上交），诉讼时效从拒绝之日起计算；
  • 若房东或租客长期不知情（如代收人隐瞒代收事实），诉讼时效可能从发现之日起计算，但需举证证明“不知情”的合理性。

3. 法律后果与建议

• 民事救济：房东或租客可起诉代收人，要求返还房租及利息，并赔偿因延迟上交造成的损失（如资金占用损失）。
• 刑事救济：若代收行为涉嫌侵占罪，且数额较大（通常为1万元以上，具体标准因地而异），房东或租客可向公安机关报案，追究代收人刑事责任。
• 建议行动：
  1. 收集证据：保留代收合同、房租收据、沟通记录等，证明代收关系及未上交事实；
  2. 协商解决：先与代收人沟通，要求限期上交，避免矛盾升级；
  3. 法律程序：若协商无果，尽快委托律师起诉或报案，避免超过诉讼时效。

4. 特殊情形提示

• 若代收人为物业公司或中介机构，可能涉及行业规范或监管要求（如需定期公示代收账目），可向当地房管部门投诉；
• 若代收行为涉及职务侵占（如代收人为单位员工），可能同时构成职务侵占罪，需结合单位内部规定处理。

总结：代收房租超三年未上交是否违法，需结合代收关系、数额、主观故意及诉讼时效等因素综合判断。建议您尽快收集证据，咨询专业律师评估具体案情，选择合适的救济途径。如有进一步问题，可直接向我咨询。