在工资一半现金一半打卡发放的情况下，若涉及赔偿计算，需根据具体赔偿类型及法律规定综合判定，核心结论如下：

1. 经济补偿金/赔偿金计算基数问题
   根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资计算。若工资分现金和转账两部分发放，赔偿基数应包含现金部分，但需劳动者承担举证责任。

   • 举证要点：劳动者需提供证据证明现金发放的金额及频率（如工资条、录音、证人证言、银行流水与现金发放的对应关系等）。
     
   • 实务难点：若用人单位否认现金发放或劳动者无法举证，仲裁/法院可能仅以转账部分作为计算基数。
     

2. 加班费、未休年休假工资等赔偿的计算
   此类赔偿同样以“月工资”为基数，计算规则与经济补偿金类似：

   • 加班费：根据《劳动法》第四十四条，工作日加班支付150%工资，休息日加班支付200%工资，法定节假日支付300%工资。若现金部分为固定补贴（如交通补贴），可能不计入加班费基数；若为基本工资组成部分，则需纳入。
     
   • 未休年休假工资：按日工资收入的300%支付，日工资计算需包含现金部分。
     

3. 社保缴费基数问题
   根据《社会保险法》，用人单位应按劳动者实际工资总额缴纳社保。若工资分现金和转账发放，社保缴费基数应包含现金部分。

   • 法律后果：若用人单位未按实际工资缴纳社保，劳动者可向社保部门投诉，要求补缴；若因此导致社保待遇损失（如养老金减少），可要求用人单位赔偿。
     

4. 税务合规风险

   • 用人单位风险：现金发放工资可能被认定为“少报、漏报个税”，面临税务处罚（《税收征收管理法》第六十三条）。
     
   • 劳动者风险：若现金部分未申报个税，可能影响个人信用记录（如贷款、购房资格）。
     

建议行动：

1. 收集证据：整理工资条、银行流水、现金发放记录（如签字领款表）、沟通记录（如微信、邮件）等，证明现金发放的金额及性质。
   
2. 协商解决：与用人单位沟通，要求明确工资结构并补缴社保、补发赔偿。
   
3. 申请仲裁/诉讼：若协商无果，可向劳动仲裁委申请仲裁，或向法院起诉，主张赔偿基数包含现金部分。
   

提示：工资发放形式不影响劳动关系的本质，但现金部分易引发举证纠纷。建议劳动者在领取现金时要求用人单位出具书面收据，或通过录音、录像等方式固定证据。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。