针对违反《动物防疫法》第二十九条第三项的行为，应当依据具体违法情形和法律后果来选择适用《动物防疫法》第九十七条还是第一百条进行处罚，无法直接给出应当适用哪一条的结论，但可以就两条法律条款的适用情形进行详细分析：

1. 《动物防疫法》第九十七条的适用情形：

   • 该条款通常针对的是违反本法规定，造成人畜共患传染病传播、流行等较为严重的后果。如果违反第二十九条第三项的行为直接导致了人畜共患传染病的传播或流行，且情节严重，那么应当依据第九十七条进行处罚。
   • 第九十七条可能涉及的处罚包括责令改正、采取补救措施、没收违法所得、罚款等，具体处罚措施会根据违法行为的严重程度和造成的后果来决定。

2. 《动物防疫法》第一百条的适用情形：

   • 第一百条则更侧重于对违反本法规定，屠宰、经营、运输依法应当检疫而未经检疫或者检疫不合格的动物产品，或者生产、经营、加工、贮藏、运输依法应当检疫而未经检疫或者检疫不合格的动物、动物产品等行为的处罚。如果违反第二十九条第三项的行为与上述情形相关，且未造成人畜共患传染病传播、流行等严重后果，那么可能更适用于第一百条。
   • 第一百条规定的处罚措施可能包括责令改正、没收违法所得、罚款等，同样会根据违法行为的性质和后果来具体确定。

在具体应用中，还需要考虑以下因素：

• 违法行为的性质：是故意违法还是过失违法，违法行为的持续时间和频率等。
• 违法行为的后果：是否造成了动物疫情的传播、流行，是否对公共卫生安全构成了威胁，以及造成的经济损失等。
• 违法者的主观态度：是否积极配合调查，是否主动采取补救措施等。

法律建议：

• 对于违反《动物防疫法》的行为，建议首先进行详细的调查和取证，以确定违法行为的性质和后果。
• 根据调查结果，结合相关法律法规，选择最合适的法律条款进行处罚。
• 在处罚过程中，应确保程序的合法性和公正性，保障违法者的合法权益。

可能面临的法律后果：

• 如果选择错误的法律条款进行处罚，可能会导致处罚不当或无效，甚至可能引发行政复议或行政诉讼。
• 违法者如果对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

如有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。