结论：棚改房原来是商品房，棚改后变为经济适用房，这一转变是否合法，需结合具体法律法规、政策规定以及棚改项目的具体情况来综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、法律法规与政策依据

1. 棚户区改造政策：

   • 棚户区改造是我国政府为改善城镇居民住房条件而实施的一项重要民生工程。其目的在于通过改造老旧、危房集中的区域，提升居民的居住环境和住房质量。
   • 在棚改过程中，政府会根据实际情况制定相应的改造方案和政策，包括房屋的拆迁、补偿、安置等。这些方案和政策通常会明确改造后房屋的性质、用途等。

2. 经济适用房政策：

   • 经济适用房是政府为解决中低收入家庭住房问题而建设的一种保障性住房。其价格相对较低，购买条件较为严格，通常需要符合一定的收入标准和住房条件。
   • 经济适用房的建设、分配、销售等均受到严格的法律法规和政策监管。

二、棚改房性质转变的合法性分析

1. 符合政策规定：

   • 如果棚改项目在规划、实施过程中，明确规定了改造后的房屋将作为经济适用房进行分配和销售，且这一规定符合当地政府的棚改政策和经济适用房政策，那么这种性质的转变就是合法的。

2. 不符合政策规定：

   • 如果棚改项目原本规划为商品房开发，但在实施过程中未经合法程序擅自变更为经济适用房项目，或者变更后的项目不符合经济适用房的政策规定（如购买条件、价格标准等），那么这种性质的转变就可能是违法的。
   • 此外，如果棚改过程中存在违规操作、利益输送等问题，也可能导致房屋性质转变的合法性受到质疑。

三、具体判断与建议

1. 查阅相关政策文件：

   • 要判断棚改房性质转变是否合法，首先需要查阅当地政府关于棚户区改造和经济适用房的相关政策文件，了解改造项目的规划、实施以及房屋性质变更的具体规定。

2. 咨询相关部门或机构：

   • 如果对政策文件的理解存在疑问，或者需要了解更详细的信息，可以咨询当地住房和城乡建设部门、房地产管理部门等相关机构，以获取准确的解答。

3. 关注法律程序与合规性：

   • 在棚改过程中，任何房屋性质的变更都需要经过合法的程序和审批。如果发现存在违规操作或未经审批擅自变更房屋性质的情况，可以向相关部门举报或寻求法律援助。

总结与建议：棚改房原来是商品房，棚改后变为经济适用房，这一转变是否合法需结合具体法律法规、政策规定以及棚改项目的实际情况来综合判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。