结论概述：根据新闻背景，中铝物流拟通过非公开协议方式收购云铝股份持有的云铝物流51%股权，此行为若符合相关法律法规及公司章程的规定，则程序合规。以下从多个维度对此进行分析。
一、非公开协议收购的合法性基础
法律依据：
- 根据《公司法》及相关法律法规，公司之间的股权转让可以通过协议方式进行，包括公开协议和非公开协议。非公开协议收购通常适用于特定情境，如关联方之间的交易、特定行业的整合等，且需满足一定的条件，如信息披露、股东同意等。
合规性要求：
- 非公开协议收购需确保交易公平、公正，不得损害公司及其他股东的利益。
- 收购方需履行信息披露义务，确保所有股东了解交易详情。
- 若涉及关联方交易，需遵循关联方交易的相关规定，如获得独立董事的认可、进行关联方回避表决等。
二、结合新闻背景的具体分析
交易主体与关系：
- 新闻背景中提及，中铝物流与云铝股份之间拟进行股权转让，且中铝物流现托管云铝物流。这表明双方可能存在一定的关联关系或业务往来，但并不影响股权转让的合法性，只要交易程序合规。
交易目的与影响：
- 收购完成后，中铝物流将持有云铝物流51%的股权，成为其控股股东。这有助于中铝物流实现产权与管理权的统一，提升云铝物流的业务能力和市场竞争力。
- 同时，中铝物流也可通过此次收购补齐西南区域物流业务版图，完成集团内部所有物流业务的整合。这表明交易具有合理的商业目的，且可能对公司及股东产生积极影响。
程序合规性：
- 新闻背景中并未提及交易程序存在不合规的情况，如未履行信息披露义务、未获得股东同意等。
- 假设交易双方已按照相关法律法规及公司章程的规定，履行了必要的程序，如签订股权转让协议、获得股东大会或董事会的批准等，则此次非公开协议收购程序合规。
三、可能存在的法律风险与防范措施
法律风险：
- 若交易程序存在瑕疵，如未履行信息披露义务、未获得必要批准等，可能导致交易无效或被撤销。
- 若交易价格不公允，可能损害公司及其他股东的利益，引发法律纠纷。
防范措施：
- 交易双方应确保交易程序合规，履行所有必要的法律手续。
- 聘请专业律师进行法律尽职调查，确保交易价格公允、交易条件合理。
- 加强信息披露工作，确保所有股东了解交易详情及可能产生的风险。
四、对公众的启示
- 此次非公开协议收购事件提醒公众，在进行股权转让等重大交易时，应确保交易程序合规、信息披露充分，以维护公司及其他股东的利益。
- 同时，公众也应关注交易背后的商业目的及可能产生的市场影响，以做出理性的投资决策。
五、后续法律行动建议
- 若交易双方对交易程序或交易条件存在争议，可寻求法律途径解决，如提起诉讼或仲裁。
- 在交易完成后，若发现交易存在违法违规行为或损害公司及其他股东利益的情况，相关利益方也可依法追究责任。
综上所述，中铝物流拟通过非公开协议方式收购云铝股份持有的云铝物流51%股权，若交易程序合规且满足相关法律法规及公司章程的规定，则此次收购是合法的。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。