结论概述：中铝物流收购云铝物流51%股权后，双方的权利义务将主要通过股权转让协议及公司章程来界定。中铝物流作为控股股东，将享有相应的决策权和管理权，同时需承担相应的义务；云铝股份作为小股东，其权利将受到一定限制，但也享有相应的知情权、收益权等。以下结合新闻背景，从多个维度进行详细分析。
一、股权转让协议中的权利义务界定
决策权与管理权：
- 中铝物流收购云铝物流51%股权后，将成为云铝物流的控股股东，根据《公司法》及股权转让协议，中铝物流将享有对云铝物流的重大决策权和管理权。这包括但不限于公司战略规划、经营决策、人事任免等。
- 云铝股份作为小股东，其决策权将受到一定限制，但在涉及公司重大事项（如修改公司章程、增加或减少注册资本等）时，仍享有表决权。
义务承担：
- 中铝物流作为控股股东，需承担对云铝物流的忠实义务和勤勉义务，确保云铝物流的合法合规经营，并维护其利益。
- 云铝股份作为小股东，虽不直接参与公司管理，但也需遵守公司章程和股权转让协议的规定，不得损害云铝物流及其他股东的利益。
二、公司章程中的权利义务补充
股东权利：
- 根据《公司法》及公司章程，股东享有知情权、收益权、表决权等。中铝物流和云铝股份作为股东，均有权查阅公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议等文件，了解公司经营状况。
- 股东还有权按照实缴的出资比例分取红利，并在公司新增资本时，有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。
股东义务：
- 股东需遵守公司章程的规定，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益。
- 股东还需按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额，并承担公司债务在认缴出资范围内的有限责任。
三、新闻背景下的特殊考量
托管关系的影响：
- 新闻背景中提到，云铝物流现由中铝物流进行托管。在收购完成后，这种托管关系可能发生变化，但中铝物流作为控股股东，仍需确保云铝物流的平稳过渡和持续经营。
- 托管期间积累的管理经验和资源，可为中铝物流后续对云铝物流的管理提供有力支持。
业务整合与协同效应：
- 中铝物流通过收购云铝物流51%股权，旨在补齐西南区域物流业务版图，完成本集团内部所有物流业务的整合。这将有助于实现业务协同和资源共享，提升整体竞争力。
- 在此过程中，中铝物流需妥善处理与云铝股份的合作关系，确保双方在业务整合中的利益平衡和共同发展。
四、法律建议与风险提示
完善股权转让协议：
- 双方应确保股权转让协议内容详尽、明确，涵盖权利义务、违约责任、争议解决等条款，以减少未来可能出现的纠纷。
遵守公司章程与法律法规：
- 双方应严格遵守公司章程和《公司法》等相关法律法规的规定，确保公司运营的合法合规。
关注业务整合风险：
- 在业务整合过程中，双方需关注可能出现的文化冲突、管理整合难度等风险，并采取有效措施加以应对。
总结与启示：中铝物流收购云铝物流51%股权后，双方的权利义务将主要通过股权转让协议及公司章程来界定。在收购完成后，双方应密切合作，共同推动云铝物流的持续发展，并严格遵守相关法律法规和公司章程的规定。如有任何法律疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。