结论：原机关事业单位在还在运营的情况下，将退役军人改为合同制是否合法，需根据具体情况判断，包括是否符合相关法律法规、政策规定以及合同约定等。以下从多个角度进行分析：
一、法律法规角度
退役军人保障法：
- 根据《中华人民共和国退役军人保障法》的相关规定，退役军人依法享有相应的待遇和保障。这包括但不限于就业安置、职业培训、社会保障等方面的权益。
- 如果原机关事业单位在将退役军人改为合同制的过程中，未依法保障其应有的权益，如未提供合理的薪酬、福利或职业发展机会等，则可能构成违法。
劳动合同法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同，并明确双方的权利和义务。
- 如果原机关事业单位在将退役军人改为合同制时，未依法签订劳动合同或未明确合同条款，如工作内容、工作地点、工作时间、薪酬待遇等，则可能违反劳动合同法的规定。
二、政策规定角度
退役军人就业安置政策：
- 国家和地方政府通常出台一系列政策来保障退役军人的就业安置。这些政策可能包括优先录用、岗位安排、职业培训等方面的优惠措施。
- 如果原机关事业单位在将退役军人改为合同制时，未遵循相关政策规定，如未给予优先录用或未提供必要的职业培训等，则可能违反政策规定。
事业单位人事管理政策：
- 事业单位的人事管理通常受到严格的政策规定约束。这些政策可能涉及人员编制、岗位设置、招聘录用等方面的内容。
- 如果原机关事业单位在将退役军人改为合同制时，未遵循事业单位人事管理政策的规定，如未经批准擅自改变人员编制或岗位设置等，则可能构成违规。
三、合同约定角度
原合同内容：
- 如果退役军人在入职时与原机关事业单位签订了劳动合同或聘用合同，且合同中明确规定了其身份、待遇、职业发展等方面的内容，则原机关事业单位在将其改为合同制时，应遵守原合同的约定。
- 如果原机关事业单位未经退役军人同意或未按照原合同约定进行变更，则可能构成违约。
新合同内容：
- 如果原机关事业单位与退役军人就改为合同制事宜签订了新的劳动合同或聘用合同，则应确保新合同的内容合法、合规且符合双方的真实意愿。
- 如果新合同中存在违法、违规或显失公平的条款，则可能影响合同的效力或导致合同无效。
四、建议与措施
核查法律法规和政策规定：
- 退役军人应首先核查相关的法律法规和政策规定，了解自己的权益和保障措施。
审查合同内容：
- 退役军人应仔细审查与原机关事业单位签订的劳动合同或聘用合同的内容，确保自己的权益得到充分保障。
寻求法律援助：
- 如果退役军人认为自己的权益受到侵害或存在争议，可以寻求专业的法律援助或咨询律师以获取更具体的法律建议和支持。
与单位协商或投诉：
- 在必要时，退役军人可以与原机关事业单位进行协商或向相关部门投诉以维护自己的合法权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供更详细、更专业的法律建议。