行政协议和普通行政行为在起诉期限上存在显著区别，具体如下：

1. 一般起诉期限的差异

   • 普通行政行为：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条，公民、法人或其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。这是行政诉讼的一般起诉期限，适用于大多数行政行为引发的诉讼。

   • 行政协议：当行政机关不依法履行或未按照约定履行行政协议时，虽然也涉及行政行为，但因其具有合同属性，诉讼时效的参照标准有所不同。根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二十五条，此类情况诉讼时效参照民事法律规范确定，即一般为三年。这一规定体现了对行政协议中合同关系纠纷的特殊处理。

2. 特殊起诉期限的适用

   • 涉及不动产的案件：无论是普通行政行为还是行政协议，如果因不动产提起诉讼，且自行政行为作出之日起超过二十年，人民法院将不予受理。这一规定旨在保护土地及不动产物权的稳定性，防止因时间过长导致证据灭失或权利状态不明。

   • 其他具体行政行为：除不动产外的其他案件，如果自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼，同样不被人民法院受理。这体现了对行政行为效率与稳定性的尊重，确保行政法律关系的及时确定。

3. 行政机关单方变更或解除协议的情况

   • 如果行政机关单方面变更或解除行政协议，相对人不服并提起诉讼的，此时应视为对行政机关具体行政行为的异议，仍应适用《行政诉讼法》关于起诉期限的规定，即六个月内提出。这一规定确保了行政机关在行使行政权力时的稳定性和可预测性。

4. 起诉期限与诉讼时效的区别

   • 起诉期限：是固定的法律期间，通常为六个月（特殊情况除外），用于限制当事人提起诉讼的时间。它体现了法律对行政行为可诉性以及法院审理程序的时间规范，具有强制性和不可变性。

   • 诉讼时效：在行政诉讼中，更侧重于指因行政协议等合同关系产生的纠纷中，权利人于一定期间内不行使请求人民法院保护其民事权利的权利，即丧失该权利的法律制度。在行政协议案件中，当涉及合同关系纠纷时，诉讼时效可能参照民事法律规范确定为三年，具有一定的相对性和灵活性（但在行政诉讼领域，这种灵活性受到严格限制）。

综合建议：

• 在处理行政协议案件时，首先要明确纠纷的性质，是涉及行政机关不依法履行或未按照约定履行行政协议的合同关系纠纷，还是对行政机关单方变更或解除行政协议等行政行为的异议。
• 根据纠纷性质选择适用的法律依据和起诉期限。对于合同关系纠纷，可能适用三年的诉讼时效；对于行政行为异议，则适用六个月的起诉期限。
• 注意特殊起诉期限的适用，如涉及不动产的案件和其他具体行政行为的案件，分别适用二十年和五年的最长起诉期限。
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