非法占用农用地罪通常由犯罪地的公安机关的治安部门或刑事侦查部门管辖，具体由哪个部门管辖会根据案件的实际情况和公安机关的内部职能分工来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、立案管辖的一般原则

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，非法占用农用地罪通常由犯罪地的公安机关管辖。这里的“犯罪地”包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。具体来说：

• 犯罪行为发生地：指非法占用农用地的行为实际发生的地点。
• 犯罪结果发生地：指由于非法占用农用地行为导致的结果（如土地毁坏）发生的地点。

二、公安机关内部职能分工

在公安机关内部，非法占用农用地罪的管辖可能涉及多个部门，但主要会由治安部门或刑事侦查部门负责：

1. 治安部门：

   • 治安部门通常负责处理涉及社会治安的案件，包括一些轻微的刑事案件和行政案件。
   • 在非法占用农用地罪的案件中，如果案件性质相对较轻，或者涉及的是一般的非法占用行为，治安部门可能会负责初步调查和处理。

2. 刑事侦查部门：

   • 刑事侦查部门负责处理严重的刑事案件，包括涉及犯罪的调查、取证和逮捕等工作。
   • 在非法占用农用地罪的案件中，如果案件性质严重，涉及大面积的土地毁坏或者造成重大经济损失，刑事侦查部门会负责深入调查和处理。

三、特殊情况下的管辖

如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，也可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖。此外，如果案件涉及面广、影响重大或需要指定其他法院管辖，上级公安机关或人民法院可以依法指定管辖。

四、实际案例与操作

在实际操作中，公安机关会根据案件的具体情况，如非法占用的土地面积、造成的损失程度、犯罪嫌疑人的身份和背景等因素，来决定由哪个部门负责管辖。同时，公安机关也会与自然资源主管部门等相关部门保持密切合作，共同打击非法占用农用地的行为。

五、法律建议

• 如果您发现有人非法占用农用地，可以向当地的公安机关报案，并提供相关证据和信息。
• 公安机关在接到报案后，会根据案件情况决定由哪个部门负责管辖，并开展相应的调查和处理工作。
• 在处理此类案件时，建议您积极配合公安机关的工作，提供必要的协助和支持。